«Программа для автоматизированной сборки генома коронавирусов с использованием НММ» (coronaSPAdes)
скрытые марковские модели коронавирусы вирусы Сборка геномов
coronaSPAdes, новый сборщик для восстановления геномов РНК-вирусов в общем и коронавирусов в частности. coronaSPAdes использует знания о структурах вирусных геномов для улучшения сборки, расширяя идеи, впервые реализованные в biosyntheticSPAdes. Мы продемонстрировали, что coronaSPAdes превосходит существующие режимы SPAdes и другие популярные средства краткочтения метагеномов и вирусных сборщиков при восстановлении полных РНК-вирусных геномов.
К преимуществам данной программы (по отношению к известным) относятся:
.использование скрытых марковских моделей, что позволяет бороться с контаминацией в данных;
.автоматическое выделение контигов имеющих вирусную ДНК;
.Гибкое алгоритмическое решение, использующее программный код семейства программ SPAdes;
.удобство и простота использования;
.высокая чувствительность метода
Данный РИД может быть использован для сборки вирусных геномов в задачах персонализированной медицины или исследованиях разнообразия окружающей среды
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
Дмитрий
Мелешко
Алексеевич
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"С-7803-2018"
"57194195798"
"9245-0155"
"0000-0002-7398-9820"
РОССИЯ
Правительство России
Правительство Российской Федерации
Организация
-
-
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
1037800006089
НИКОЛАЙ
КРОПАЧЕВ
МИХАЙЛОВИЧ
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения