Программа для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС-ОД) / The program for genotyping-by-sequencing data processing (GBS-DP)
биоинформатика конвейер GBS генотипирование путем секвенирования
Программа предназначена для поиска и анализа однонуклеотидных полиморфизмов на основе данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС). Программа проводит предварительную обработку данных, поиск полиморфизмов, кластеризацию и построение филогенетического дерева исследуемых образцов на основе обнаруженных полиморфизмов. Входные данные программы включают сырые прочтения образцов, полученные методом ГПС и рефересный геном исследуемого организма. Результатами работы программы GBS-DP являются статистические характеристики библиотек сырых прочтений, список выявленных полиморфизмов для проанализированных библиотек (однонуклеотидные, делеции/вставки и т.д), данные по генетическому разнообразию проанализированных образцов (диаграмма главных компонент и филогенетическое дерево)
Программа может быть использована для биоинформатического анализа данных ГПС
Елена
Салина
Артемовна
главный научный сотрудник
Доктор биологических наук
Профессор
U-1866-2019
7003403411
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Артем
Пронозин
Юрьевич
РОССИЯ
Дмитрий
Афонников
Аркадьевич
РОССИЯ
Елена
Салина
Артемовна
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦИГ СО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
1025403657410
АЛЕКСЕЙ
КОЧЕТОВ
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения