База данных Animal Metabolite Database
метаболомика масс-спектрометрия ЯМР-спектроскопия биохимические процессы биологические ткани модельные животные экология эволюция
База данных Animal Metabolite Database (https://amdb.online) содержит информацию о составе и концентрации (в молях на грамм ткани, nmol/g) метаболитов в различных биологических тканях и жидкостях животных. В первую очередь, БД наполняется информацией о тканях животных пяти классов – рыбы (Bony Fishes, Osteichthyes), земноводные (Amphibians, Amphibia), пресмыкающиеся (Reptiles, Reptilia), птицы (Birds, Aves) и млекопитающие (Mammals, Mammalia) из подтипа позвоночные (Vertebrates, Vertebrata). БД на данный момент содержит информацию по 432 образцам от 38 видов животных. Образцы одинаковых характеристик (биологические репликаты) объединены в 77 групп. Группы сравниваются между собой по составу и концентрациям метаболитов в экспериментах типа воздействие-контроль, или похожих. На данный момент содержится информация о 21 эксперименте.
БД состоит из единой компоненты под управлением SQLite 3. Данные о концентрациях метаболитов в образцах хранятся в таблице MetaboliteSampleData. Таблицы БД связаны между собой с помощью внешних ключей (foreign key). Например, таблица MetaboliteSampleData имеет два внешних ключа, которые связывают запись в таблице с конкретным метаболитом (запись в таблице Metabolite) и образцом (запись в таблице Sample). Основными таблицами в БД являются Metabolite, Sample, MetaboliteSampleData, Group, Experiment. Также имеются и другие таблицы для хранения атрибутивной информации, напр. таблицы Species, Tissues. Модификация записей в существующие таблицы производится с помощью веб-интерфейса, написанного на языке Python 3.9 с использование веб-фреймворка Django 3.1.5.
Количественные метаболомные данные, содержащиеся в БД, может быть использована учёными по всему миру в качестве референса в своих исследованиях. Помимо этого, метаболомные данные могут быть использованы для анализа влияния болезней на метаболом тканей, мониторинга экологической обстановки, а также для установления механизмов влияния загрязнения окружающей среды на здоровье животных.
Вадим
Яньшоле
Владимирович
с.н.с.
Кандидат физико-математических наук
Отсутствует
A-9149-2014
36242784800
8238-9570
0000-0003-1512-3049
РОССИЯ
Матвей
Федин
Владимирович
врио Директора
РОССИЯ
31.27.25
Биохимия животных
01.06.GU
ECOLOGY
01.06.HT
EVOLUTIONARY BIOLOGY
01.06.ZM
ZOOLOGY
01.04.EE
CHEMISTRY, ORGANIC
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Вадим
Яньшоле
Владимирович
Подбор и расположение материалов базы данных
РОССИЯ
Арсентий
Мельников
Дмитриевич
Разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Юрий
Центалович
Павлович
Разработка словаря ключевых терминов материалов базы данных
РОССИЯ
РФФИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "РОССИЙСКИЙ ФОНД ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ"
1037739411489
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российский фонд фундаментальных исследований"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
МТЦ СО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ИНСТИТУТ "МЕЖДУНАРОДНЫЙ ТОМОГРАФИЧЕСКИЙ ЦЕНТР" СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
1025403642110
МАТВЕЙ
ФЕДИН
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения