Автоматизированный анализ представленности микроорганизмов в биотопе по данным высокопроизводительного секвенирования
Представленность микроорганизмов
Программное обеспечение предназначено для анализа представленности микроорганизмов в биотопе по данным высокопроизводительного секвенирования shotgun и ампликонов 16S рРНК, ITS (внутреннего транскрибируемого спейсера). В качестве исходных данных могут быть использованы таксономически классифицированные таблицы с количественными значениями амплифицированных последовательностей (ASV). Алгоритм анализа включает объединение ASV на уровне рода, расчет представленности с относительной, логарифмической и центроидной логарифмической нормализацией для разного процента корового микробиома, а также визуализацию полученных данных.
Технологии хранения и анализа больших данных
Максим
Патрушев
Владимирович
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Отсутствует
-
-
-
-
РОССИЯ
Кирилл
Борисов
Евгеньевич
Главный ученый секретарь Центра
РОССИЯ
34.27.23
Экология микроорганизмов
01.02.EW
COMPUTER SCIENCE, SOFTWARE ENGINEERING
01.06.GU
ECOLOGY
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Степан
Тощаков
Владимирович
РОССИЯ
Александра
Козлова
Дмитриевна
РОССИЯ
Максим
Патрушев
Владимирович
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения