BasesAssasin: программа для автоматического улучшения качества данных секвенирования нового поколения (NGS)
Высокопроизводительное секвенирование NGS анализ данных секвенирования
Ввиду специфики процесса секвенирование нового поколения (NGS) возникает проблема дисбаланса пропорций нуклеотидов в начале всех прочтений. Программа BA:bases-assassin предназначена для автоматического подбора параметров для корректировки прочтений, что бы улучшить качество полученных данных.
BA обрабатывает результаты отчетов FastQC о качестве fastq-файлов с прочтениями, полученных методом секвенирование нового поколения (NGS). При помощи алгоритма с динамическим параметром, который задает допустимое значение разницы между содержаниями нуклеотидов в начале каждого прочтения, подбирается параметр для корректировки ридов. Результатом работы BA является численное значение, которое говорит о том, какое количество нуклеотидов необходимо обрезать в начале прочтения, что его качество и последующее выравнивание были точнее.
Программа может применяться пользователями для улучшения качества полученных в результате секвенирования данных
Дмитрий
Коростин
Олегович
старший научный сотрудник,  Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины
Кандидат медицинских наук
Отсутствует
AAD-9807-2019
34977057500
584897
0000-0003-1343-2550
РОССИЯ
Дмитрий
Шагин
Алексеевич
Проректор по инновационной деятельности
РОССИЯ
76.03.39
Медицинская генетика. Медико-генетическое консультирование
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
Анна
Павлова
Сергеевна
РОССИЯ
Вера
Белова
Александровна
РОССИЯ
Юлия
Василиадис
Андреевна
РОССИЯ
Дмитрий
Коростин
Олегович
РОССИЯ
Олег
Сучалко
Николаевич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО РНИМУ ИМ. Н.И. ПИРОГОВА МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "РОССИЙСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.И. ПИРОГОВА" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1027739054420
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения