Программа для поиска и анализа генетических маркеров для молекулярного типирования «PGMQuest»
молекулярно-генетическое типирование полногеномное секвенирование штаммы патогенных микроорганизмов
Реферат:
Программа предназначена для поиска всего множества генетических вариантов в геномах штаммов патогенных микроорганизмов, анализа обнаруженных вариантов и подбора маркеров пригодных для молекулярно-генетического типирования. Полногеномное секвенирование активно применяется для характеристики штаммов возбудителей бактериальных и вирусных инфекций различного происхождения. Однако стоимость полногеномного секвенирования остается достаточно высокой, поэтому для рутинного генотипирования в рамках решения научных и эпидемиологических задач целесообразно использовать системы генотипирования, основанные на детекции отдельных генетических маркеров. Как следствие возникает необходимость в идентификации новых генетических маркеров для разработки таких систем. В основе работы программы лежит алгоритм, включающий последовательную обработку геномных данных с использованием отдельных программных модулей и скриптов. В качестве входных данных используются фрагментированные или финишные геномные сборки в формате fasta. В результате работы программа генерирует файл с обнаруженными нуклеотидными вариантами в формате VCF. Программа позволяет осуществлять поиск и анализ таких генетических вариаций, как SNP, INDEL, VNTR и SNR. Программа позволяет определять тип генетических вариантов, а также обнаруживать специфичные для отдельных групп штаммов нуклеотидные замены. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux.
Язык программирования: Python 3.7
Объем программы для ЭВМ: 134398 байт
Программа предназначена для поиска всего множества генетических вариантов в геномах штаммов патогенных микроорганизмов, анализа обнаруженных вариантов и подбора маркеров пригодных для молекулярно-генетического типирования.
34.23.35
Популяционная генетика
Григорий
Печковский
Александрович
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"Q-7273-2016"
"57223328514"
"1228701"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57223328514"
"0000-0001-7033-9972"
РОССИЯ
Евгений
Еременко
Иванович
"Доктор медицинских наук"
"Профессор"
"AAI7406-2020"
"6701369832"
"192805"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6701369832"
"0000-0002-1117-118"
РОССИЯ
Алла
Рязанова
Геннадьевна
"Кандидат медицинских наук"
"Отсутствует"
"-"
"367142300500"
"603902"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=36714230500"
"0000-0002-5196-784Х"
РОССИЯ
Татьяна
Головинская
Михайловна
"Кандидат биологических наук"
"Отсутствует"
"-"
"6507769401"
"658287"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6507769401"
"0000-0001-6475-4512"
РОССИЯ
Людмила
Аксенова
Юрьевна
"Кандидат медицинских наук"
"Отсутствует"
"-"
"36713132900"
"658217"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=36713132900"
"0000-0002-7744-3112"
РОССИЯ
Ольга
Семенова
Викторовна
"Кандидат биологических наук"
"Отсутствует"
"AAI-9951-2021"
"57190944177"
"617186"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57190944177"
"0000-0003-0274-898Х"
РОССИЯ
Диана
Герасименко
Константиновна
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"-"
"57220030592"
"1188036"
"https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57220030592"
"0000-00025-8636-6585"
РОССИЯ
Александр
Куличенко
Николаевич
"Доктор медицинских наук"
"Академик"
"W-3968-2018"
"7003351136"
"95014"
"https://www.elibrary.ru/author_profile.asp?id=95014"
"0000-0002-9362-3949"
РОССИЯ
Людмила
Тимченко
Дмитриевна
"Доктор ветеринарных наук"
"Профессор"
"R-4607-2016"
"55929233900"
"451051"
"0000-0003-2011-880Х"
РОССИЯ
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1047796261512
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Федеральное казённое учреждение здравоохранения "Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1022601949930
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения