Программа для метагеномного анализа прокариотических сообществ на основе секвенирования вариабельных регионов 16s рРНК “TaxonList”
16s rRNA типирование прокариоты NGS метагеномный анализ видовой состав сообщества
Программа анализирует данные высокопроизводительного секвенирования в формате fastq вариабельных участков гена 16s рРНК, из образцов смешанного видового состава. Функции программы состоят из двух логических блоков: предобработка сырых прочтений до формата, пригодного для таксономического анализа и непосредственно таксономический анализ.
Первый блок позволяет: проводить фильтрацию по праймерам ампликонов интереса, даунсемплинг (нормализацию) покрытия, отрезать последовательности праймеров.
Второй блок проводит определение таксономического состава отсеквенированных образцов на основе алгоритмов blast и программных пакетов qiime2 и RDP.
Программа позволяет расчитать долю соответствующего таксона в образце количественно с точностью до 0.1%. Для большинства таксономических единиц довести идентификацию до уровня семейства и рода. Особенностью программы является возможность определить видовую принадлежность таксономических единиц более чем в половине случаев, что значительно повышает научную ценность анализа. Итогом работы программы является таблица с подробным описанием каждой таксономической единицы: ее уникального md5-названия, последовательности и длины, процентного вклада в 
образце, классификации по базам blast и RDP с расчетом уровня достоверности классификатора.
Анализ состава микробных сообществ на основе методик высокопроизводительного секвенирования вариабельных регионов генов прокариотической 16s рРНК
Дмитрий
Коростин
Олегович
Старший научный сотрудник
Отсутствует
Отсутствует
AAD-9807-2019
34977057500
584897
РОССИЯ
Денис
Ребриков
Владимирович
Проректор по научной работе
РОССИЯ
76.03.33
Медицинская цитология
76.03.39
Медицинская генетика. Медико-генетическое консультирование
01.06.DR
CELL BIOLOGY
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
Андрей
Кривой
Анатольевич
Тестирование программы
РОССИЯ
Дмитрий
Коростин
Олегович
Формулировка технического задания
РОССИЯ
Ирина
Булушева
Алексеевна
Составление алгоритма, программная реализация, тестирование программы
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО РНИМУ ИМ. Н.И. ПИРОГОВА МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "РОССИЙСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.И. ПИРОГОВА" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1027739054420
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения