Способ дифференциации штаммов Yersinia pestis путем молекулярно-генетического типирования с использованием в качестве генетических маркеров IS-элементов
YERSINIA PESTIS МАРКЕРЫ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ТИПИРОВАНИЕ IS-ЭЛЕМЕНТЫ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ
Предлагаемое изобретение относится к области медицинской биотехнологии. Сущность изобретения заключается в том, что выявляют в ДНК исследуемого штамма на основе мобильных генетических элементов восемь IS-маркеров, для этого при проведении ПЦР готовят восемь пробирок объёмом 0,6 мкл, куда вносят реакционную смесь и по одной паре в каждую пробирку вносят олигонуклеотидные праймеры. При этом после проведения ПЦР реакционные смеси из восьми пробирок наносят на 2% агарозный гель и разделяют амплифицированные фрагменты путём электрофореза с последующим окрашиванием этидиум бромидом в присутствии маркеров молекулярных весов и при визуализации в проходящем УФ-свете, учет результатов проводят по набору фрагментов с определённым молекулярным весом для каждой пары праймеров и устанавливают уникальный генотип по восьми IS-маркерам, затем полученные результаты сравнивают с идентификационной таблицей и дифференцируют штаммы Y. pestis по их генетическим группам на основные и неосновные подвиды. При этом ПЦР проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: 10 мкл 2,5-кратного буфера, 1,0 мМ MgCl2, 0,25 мM смеси dNTP, 0,5 ед. Tag DNA полимеразы, 25 нг исследуемой ДНК в объеме 5 мкл. Кроме того, ПЦР проводят с соблюдением следующих этапов и режимов: 95°С этап денатурации - 15 с, 57°С этап отжига праймеров - 15 с, 72°С этап элонгации - 15 с, повтор 2, 3 и 4 этапов 35 раз, 72°С этап элонгации - 5 мин, 95°С этап денатурации - 3 мин. Изобретение позволяет получить индивидуальную генотипическую характеристику штаммов Yersinia pestis на основе маркерных IS-локусов, позволяя дифференцировать штаммы на основные и неосновные.
Предлагаемое изобретение может быть использовано в лабораторной диагностике для получения индивидуальной генотипической характеристики штаммов Yersinia pestis на основе маркерных IS-локусов, позволяя дифференцировать штаммы на основные и неосновные подвиды.
Алексей
Трухачев
Леонидович
Ведущий научный сотрудник
Кандидат медицинских наук
Отсутствует
AAF-9027-2020
57194072037
619647
https://orcid.org/0000-0002-3531-1146
0000-0002-3531-1146
РОССИЯ
Алексей
Носков
Кимович
Директор
РОССИЯ
34.27.05
Методы и аппаратура в микробиологии
01.06.QU
MICROBIOLOGY
Мисак
Мелоян
Геворгович
40 %
РОССИЯ
Алексей
Трухачев
Леонидович
60 %
РОССИЯ
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1047796261512
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Федеральное казённое учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1026103278959
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения