«Программа для сборки генных кластеров из коротких прочтений» (biosytheticSPAdes)
геномная сборка поиск антибиотиков Биосинтетические генные кластера
Предсказание биосинтетических генных кластеров (БГС) имеет ключевое значение для обнаружения антибиотиков и других вторичных природных метаболитов. В то время как предсказание БГС из полных геномов это хорошо изученая проблема, предсказание БГС в фрагментированных геномных сборках остается сложной задачей. Существующие инструменты для предсказания БГС часто предполагают, что каждый БГС закодирован внутри одного контига в геномной сборке. Это условие не выполняется для большинства секвенированных микробных геномов, где БГС часто разбросаны по нескольким контигам, что затрудняет их реконструкцию. Ситуация становится еще более сложной в метагеномике, где контиги часто являются короткими, и существующие инструменты не могут предсказать большую часть длинных БГС. Хотя трудно собрать БГС в одном контиге, структура графа геномной сборки часто дает возможность объединить несколько контигов в сегменты, кодирующие длинные БГС. BiosyntheticSPAdes это инструмент для предсказания БГС в графах сборки, который значительно улучшает восстановление БГС из наборов данных геномики и метагеномики. 
К преимуществам данной программы (по отношению к известным) относятся:
    • возможность восстановления генных кластеров даже из графов сборок сложной структуры;
    • автоматическое классификация и аннотация генных кластеров;
    • возможность использования заданных пользователем скрытых марковских моделей для решения аналогичных задач;
    • Гибкое алгоритмическое решение, использующее программный код семейства программ SPAdes;
    • удобство и простота использования; 
    • высокая чувствительность метода
Данный РИД может быть использован в задачах по поиску новых вторичных метаболитов
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
Дмитрий
Мелешко
Алексеевич
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"С-7803-2018"
"57194195798"
"9245-0155"
"0000-0002-7398-9820"
РОССИЯ
Правительство России
Правительство Российской Федерации
Организация
-
-
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
1037800006089
НИКОЛАЙ
КРОПАЧЕВ
МИХАЙЛОВИЧ
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения