Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию
таргетная амплификация днк, штрихкодирование, массовое параллельное секвенирование
Изобретение относится к области молекулярной биологии и генетической инженерии. Предложен способ присоединения олигонуклеотидных штрихкодов к продуктам таргетной амплификации ДНК посредством ферментативного формирования «липких» концов ампликонов. дизайн праймеров для таргетной амплификации таким образом, чтобы 5"-конец каждого праймера содержал заданную последовательность из пяти нуклеотидов: 5"-TTCAG, далее, после проведения таргетной амплификации, полученные ампликоны обрабатывают Pfu ДНК-полимеразой в присутствии соответствующих дезоксирибонуклеозид-трифосфатов, затем по сформированным «липким» концам ампликона проводят лигирование штрихкода и одного из адаптеров, при этом лигирование второго адаптера к штрихкоду происходит в той же реакционной смеси с использованием выступающего конца, имеющего иную нуклеотидную последовательность, с помощью праймеров, комплементарных адаптерам, далее в ходе амплификации проводят обогащение реакционной смеси целевыми последовательностями.
Изобретение может быть использовано для присоединения олигонуклеотидных штрихкодов к продуктам таргетной амплификации с целью их последующей идентификации в процессе исследования методами массового параллельного секвенирования.
Коваленко С.П.
научный руководитель
Доктор биологических наук
Анисименко М. С.
директор
34.15.23
Молекулярная генетика
34.15.27
Генетическая инженерия
01.00.00
Natural Sciences
01.06.00
Biological sciences
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Надежда
Гуткина
Игоревна
Проведение экспериментов
Дарья
Бердюгина
Алексеевна
Проведение экспериментов
Максим
Анисименко
Сергеевич
Формирование идеи, обработка и оформление результатов, формирование заявки
Сергей
Коваленко
Петрович
Формирование идеи, участие в подготовке заявки
Марина
Павлова
Евгеньевна
Формирование идеи, участие в экспериментах
Александр
Гаранин
Юрьевич
Проведение экспериментов
ФОНД СОДЕЙСТВИЯ ИННОВАЦИЯМ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФОНД СОДЕЙСТВИЯ РАЗВИТИЮ МАЛЫХ ФОРМ ПРЕДПРИЯТИЙ В НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОЙ СФЕРЕ"
1027739479734
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
ООО "ДНК-ДИСПЛЕЙ"
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ "ДНК-ДИСПЛЕЙ"
1195476004195
Организация
Организации, учрежденные юридическими лицами или гражданами, или юридическими лицами и гражданами совместно
Общества с ограниченной ответственностью