Программа для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000
ddRAD демультиплексация bcl2fastq
demuxDDrad - программа для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000. Производит демультиплекасацию по внутренним индексным последовательностям (находящихся в начале самих нуклеотидных чтений). В качестве "входящих" файлов принимает нуклеотидные чтения, созданные при демультиплексации по внешним индексам с помощью стандартной утилиты от illumina - bcl2fastq, и таблицы с названиями образцов и последовательностями внутренних индексов. Для каждого образца требуется две индексные последовательности. 
для определения индексных последовательностей необходима информация о протоколе приготовления ddRAD библиотек. В качестве базового протокола используется протокол, опубликованный в статье Franchini (PMID: 28247584). Этот протокол подразумевает, что перед индексной последовательностью находится последовательность из четырех случайных нуклеотидов, которая удаляется, в процессе работы скрипта, перед демультиплексацией.
Создание генетических баз данных
Максим
Патрушев
Владимирович
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Отсутствует
-
-
-
-
РОССИЯ
Сергей
Гиенко
Юрьевич
Начальник управления
РОССИЯ
34.03.21
Таксономия и номенклатура в биологии
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Федор
Шарко
Сергеевич
25%
РОССИЯ
Сергей
Расторгуев
Михайлович
75%
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения