Конвейер для поиска локусов встраивания мобильных элементов в геномных данных
Мобильные элементы локусы встраивания парные чтения
TElocFinder - конвейер для поиска локусов встраивания мобильных элементов (МЕ) в геномных данных. Программа принимает данные геномного секвенирования и базу мобильных элементов для данного вида организмов. Также необходимо наличие референсного генома, соответствующего изучаемому организму. Данные секвенирования должны быть в виде парно-концевых чтений на приборе illumina. В качестве результатов работы программа выдает таблицу, в которой строками являются локусы встраивания МЕ в геном, в виде геномных координат, а столбцами являются Illumina библиотеки, поданные на вход программе. В каждой ячейке выходной таблицы указывается количество парных нуклеотидных чтений, подтверждающих конкретное встраивание.
Анализ основан на раздельном картировании каждого тага парных чтений на геном исследуемого организма и базу данных МЕ. Результаты могут быть использованы как для изучения "подвижности" мобильных элементов, так и для изучения генетических отношений между исследуемыми образцами на основе данных о мобильных элементах.
Создание генетических баз данных
Максим
Патрушев
Владимирович
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Отсутствует
-
-
-
-
РОССИЯ
Сергей
Гиенко
Юрьевич
Начальник управления
РОССИЯ
34.03.21
Таксономия и номенклатура в биологии
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Федор
Шарко
Сергеевич
100%
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения