Программа для исследования процесса денатурации ДНК на основе количественного анализа рекуррентных диаграмм
моделирование процесса плавления (денатурации) ДНК статистико-термодинамическая модель модель Пейрара-Бишопа-Доксуа пакет прикладных программ MathWorks MATLAB (https://www.mathworks.com). рекуррентные диаграммы динамики открытых состояний ДНК количественный анализ
Программа предназначена для количественного анализа рекуррентных диаграмм динамики открытых состояний ДНК в пакете прикладных программ MathWorks MATLAB (https://www.mathworks.com). Программа позволяет рассчитывать рекуррентные диаграммы по результатам моделирования динамики открытых состояний ДНК и проводить количественный анализ полученных рекуррентных диаграмм. Данная программа разрабатывалась и апробировалась на основе анализа результатов моделирования процесса плавления (денатурации) ДНК, полученных с помощью модели Пейрара-Бишопа-Доксуа и статистико-термодинамической модели.
Входные параметры программы: число пар оснований молекулы ДНК, начальная температура, температура нагрева, минимальная длина диагональной линии, минимальная длина вертикальной линии и размер окна, сдвигаемого вдоль главной диагонали рекуррентной диаграммы. 
Выходные параметры: визуализация эволюции растяжения водородных связей при нагревании молекулы ДНК; рекуррентная диаграммы динамики пар оснований; графики эволюции мер: меры рекуррентности, дивергенции, детерминизма, отношения мер детерминизма и рекуррентности, энтропии, максимальной длины вертикальной линии, времени запаздывания и замирания.
Работа была поддержана Грантом Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых № МК-44.2022.1.1 (Соглашение № 075-15-2022-362 от 05 мая 2022 г.).
Программа позволяет рассчитывать рекуррентные диаграммы по результатам моделирования динамики открытых состояний ДНК и проводить количественный анализ полученных рекуррентных диаграмм.
Александр
Никитюк
Сергеевич
научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Отсутствует
B-3731-2018
57190939014
566685
0000-0001-6777-7525
РОССИЯ
Олег
Плехов
Анатольевич
И.о. директора
РОССИЯ
00.77.00
Математическое моделирование в общественных и гуманитарных науках
03.02.DM
ONCOLOGY
Ольга
Бурмистрова
Сергеевна
Бурмистрова О.С. реализовала и протестировала алгоритмы программы для исследования процесса денатурации ДНК на основе количественного анализа рекуррентных диаграмм, выполнила тестирование регистрируемой программы.
РОССИЯ
Александр
Никитюк
Сергеевич
Никитюк А.С. разработал алгоритмы регистрируемой программы.
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ПФИЦ УРО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ПЕРМСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР УРАЛЬСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
1025900517378
АЛЕКСАНДР
БАРЯХ
АБРАМОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения