Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления и генетического исследования ДНК простейших и гельминтов
Скрининг Паразитарные заболевания ПЦР Секвенирвание Аллергодерматозы
Исследованы и проведен подбор компонентов набора для одновременного тотального выделения из кала протозойной и гельминтной ДНК. Подтверждена эффективность выделения ДНК из образцов кала при помощи разработанных наборов с сорбентами на основе силики и на основе магнитных частиц посредством определения концентрации выделенной ДНК, составляющей 6,34±0,48 нг/мкл и 6,36±0,46 нг/мкл соответственно. Установлена высокая чистота препаратов ДНК получаемых с использованием разработанных наборов с сорбентами на основе силики и на основе магнитных частиц по показателю ОП 260:280, составляющей 1,79±0,012 и 1,82±0,016 соответственно. Проведен анализ 61 нуклеотидной последовательности гена 18S рРНК. Разработана пара праймеров, обеспечивающая идентификацию не менее 27 мишеней простейших и гельминтов до вида при типировании посредством ПЦР в реальном времени с последующим секвенированием. Разработана пара праймеров, обеспечивающая идентификацию контрольных организмов при типировании посредством ПЦР в реальном времени с последующим секвенированием. Проведен подбор и оптимизация температурных режимов амплификации типируемых нуклеотидных последовательностей. Установлена оптимальная температура отжига праймеров 61*С при амплификации типируемых нуклеотидных последовательностей в пробирках объемом 200 мкл с объемом реакционной смеси 25 мкл и детекцией в реальном времени при длине волны поглощения 497 нм и длине волны флюоресценции 520 нм. Определены компоненты набора для амплификации, обеспечивающих в том числе присоединение адаптерных последовательностей. Разработан лабораторный образец набора для одновременного тотального выделения из кала протозойной и гельминтной ДНК, состоящий из следующих компонентов, рассчитанный на 100 выделений. Исследован разработанный набор универсальной амплификации и было выявлено 112 положительных образцов простейших и 177 – гельминтов, высоко ассоциированных с атопическим дерматитом, при исследовании 500 образцов стула. Определены оптимизированные информативные перечни простейших и включены 3 новых вида в базу данных таргетных нуклеотидных последовательностей. Определение оптимизированные информативные перечней гельминтов и разработаны дополнительные 3 пары праймеров для секвенирования: 18S_fw и 18S_rvm, 18S_fwm и 18S_rv_helm, 18S_fwm и 18S_rv_cont. Разработаны экспериментальные образцы набора в формате раскапанных стрипованных микропробирок по 0,2 мл и реакционных смесей для самостоятельного раскапывания в виде 5 вариантов реакционных смесей.
Область применения результатов работы – молекулярная диагностика гельминтозов и протозоозов.
Наида
Иманвердиева
Адалат кызы
врач
Отсутствует
Отсутствует
CAG-0823-2022
-
РОССИЯ
Наида
Иманвердиева
Адалат кызы
врач
РОССИЯ
76.03.45
Медицинская паразитология
76.35.33
Лабораторное дело
76.29.57
Дерматология и венерология
02.06.PW
MEDICAL LABORATORY TECHNOLOGY
03.02.GA
DERMATOLOGY
03.03.TI
PARASITOLOGY
Наида
Иманвердиева
Адалат кызы
Имеет опыт конструирования праймеров, обеспечивающих идентификацию простейших и гельминтов до вида при типировании. Проводила ПЦР для определения в различных биологических образцах наличия специфических ДНК вирусов условно-патогенных бактерий, грибов родов Candida и Malassezia, простейших и гельминтов. Прошла онлайн-курс "Секвенирование 3-го поколения на Oxford Nanopore". По опубликованным результатам исследований и запатентованным изобретениям анализировала триггерные факторы инфекционной природы, которые могут быть ассоциированы с атопическим дерматитом.
РОССИЯ
ФОНД СОДЕЙСТВИЯ ИННОВАЦИЯМ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФОНД СОДЕЙСТВИЯ РАЗВИТИЮ МАЛЫХ ФОРМ ПРЕДПРИЯТИЙ В НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОЙ СФЕРЕ"
1027739479734
СЕРГЕЙ
ПОЛЯКОВ
ГЕННАДЬЕВИЧ
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
Наида
Иманвердиева
Адалат кызы
Физическое лицо
РОССИЯ