Графовые нейронные сети для предсказания вторичных структур ДНК
БИОИНФОРМАТИКА АЛЬТЕРНАТИВНЫЕ СТРУКТУРЫ ДНК Z-ДНК НЕЙРОННЫЕ СЕТИ ОБРАБОТКА ДАННЫХ
«Графовые нейронные сети для предсказания вторичных структур ДНК»
Программа GraphZ представляет собой три модуля, осуществляющих обучение, тестирование различных графовых сетей на основе подготовленных данных, а также отрисовывает дополнительные графики (ROC-, PR- и F1 score кривые). На вход программа получает геном организма, а также, преобразованные в формат sparse vector, результаты chip-atlas экспериментов. Также необходимо вручную указать параметры модели и баланс классов тренировочного датасета. В ходе работы модель обучается на тренировочной выборке (первый модуль), а затем тестируется на полном геноме (второй модуль). В третьем модуле можно отрисовать графики ROC-, PR- и F1 score кривых на необходимом датасете.
Работа проводилась в рамках работ по гранту на реализацию программы Исследовательского центра в сфере искусственного в целях достижения результата федерального проекта «Искусственный̆ интеллект» национальной̆ программы «Цифровая экономика Российской Федерации» (Договор от «2» ноября 2021г No 70-2021-00139), в рамках направления исследования «Искусственный интеллект в биоинформатике», мероприятие плана «Разработка и верификация алгоритмов для предсказания вторичных структур ДНК. Этап 2». Тематика программы центра: «Развитие методик и технологий прикладного искусственного интеллекта»
Тип ЭВМ: IBM-PC совместимый ПК 
Язык: Python
Вид и версии операционной системы: Mac OS X 10.11 or higher, Linux Ubuntu 16.04 or higher
Объем программы для ЭВМ: 20 Кб
Генетическое тестирование
34.15.23
Молекулярная генетика
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
Артем
Войтецкий
Александрович
"Отсутствует"
"Отсутствует"
РОССИЯ
Мария
Попцова
Сергеевна
"Кандидат физико-математических наук"
"Отсутствует"
"G-6985-2014"
"16177766600"
"1361-1087"
"https://www.hse.ru/org/persons/191823857"
"0000-0002-7198-8234"
РОССИЯ
Правительство России
Правительство Российской Федерации
Организация
-
-
НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", НИУ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ, НИУ ВШЭ, ВШЭ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ"
1027739630401
НИКИТА
АНИСИМОВ
ЮРЬЕВИЧ
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения