Pasteurella Analyzer - программа для обработки данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae
Pasteurella Analyzer Обработка данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae
Программа предназначена для анализа данных метагеномного секвенирования микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины. Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат. Программа рассчитана на работу с набором контигов, что не требует проведения предварительной сборки генома. Результаты анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный текстовый файл на русском языке. Программа может быть полезна для диагностических и научно- исследовательских организаций и их сотрудников, занимающихся выявлением генов антибиотикорезистентности у микроорганизмов и генов, отвечающих за выработку токсинов, являющихся факторами вирулентности бактерий, что, в свою очередь, является необходимым для установления этиологической роли того или иного микроорганизма, а также для выбора корректной схемы антибиотикотерапии. Тип ЭВМ: IBM-PC совмест. ПК на базе процессора Intel Pentium, AMD и выше; ОС: Windows ХР/7/8.
Программа предназначена для анализа данных метагеномного секвенирования микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.
Михаил
Гулюкин
Иванович
Руководитель научного направления
Доктор ветеринарных наук
Академик
V-4640-2017
56114366900
112679
0000-0002-7489-6175
РОССИЯ
Алексей
Гулюкин
Михайлович
Директор
РОССИЯ
68.41.01
Общие вопросы
01.06.CU
BIOLOGY
Алексей
Лаишевцев
Иванович
Разработка программы для ЭВМ
РОССИЯ
Эльдар
Зулькарнеев
Ринатович
Разработка программы для ЭВМ
РОССИЯ
Андрей
Алешкин
Владимирович
Разработка программы для ЭВМ
РОССИЯ
Андрей
Капустин
Владимирович
Разработка программы для ЭВМ
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР - ВСЕРОССИЙСКИЙ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ ВЕТЕРИНАРИИ ИМЕНИ К.И. СКРЯБИНА И Я.Р. КОВАЛЕНКО РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
1037700258870
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения