Программа для анализа экологической структуры симбиотической микробиоты кишечника человека (ЭкоСтруктСМКЧ) / Program for the analysis of the ecological structure of the symbiotic human gut microbiota (EcoStructSHGM)
кишечная микробиота метагеномика метатранскриптомика биоинформатический анализ
Программа предназначена для оценки представленности ключевых экологических функциональных групп (ЭФГ) симбиотической микробиоты кишечника человека (СМКЧ) на основе анализа метагеномных или метатранскриптомных данных. Рассматриваемые функциональные группы включают в себя ацетогенов, сульфатредукторов, бутират-производящих и муцин-разлагающих бактерий. Входные данные представляют собой аминокислотный каталог функционально-значимых генетических последовательностей (ФЗГП), идентифицирующих соответствующие ЭФГ, а также метагеномные или метатранскриптомные библиотеки секвенированных прочтений. Результаты работы программы представляют собой количественные оценки представленности ЭФГ в формате TPM (транскриптов на миллион) и в долевом соотношении между оцениваемыми функциональными группами
Программа может использована в исследованиях, связанных с изучением СМКЧ для проведения дополнительного функционального анализа метагенома или метатранскриптома.
Александра
Клименко
Игоревна
н.с.
Кандидат биологических наук
Отсутствует
F-2291-20 19
56988827400
2437-7560
http://assa.bionet.nsc.ru/open/person/1618/
0000-0003-1877-9107
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Александра
Клименко
Игоревна
РОССИЯ
Андрей
Кропочев
Игоревич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦИГ СО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
1025403657410
АЛЕКСЕЙ
КОЧЕТОВ
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения