Способ оценки влияния модифицированных трифосфатов дезоксинуклеозидов на олигонуклеотидный состав комбинаторных ДНК-библиотек для проведения селекции модифицированных аптамеров
ДНК-АПТАМЕРЫ СОМАМЕРЫ CELL-SELEX РЕЦЕПТОРНАЯ ТИРОЗИНКИНАЗА С-KIT СЕКВЕНИРОВАНИЕ
Предложен новый способ оценки субстратной эффективности дезоксинуклеозидтрифосфатов, содержащих функциональные группы, для селекции модифицированных аптамеров (mod-SELEX). Способ предполагает проведение трех последовательных раундов ПЦР с комбинаторной библиотекой и модифицированным dNTP – кандидатом для проведения SELEX. Вывод о применимости конкретного производного dNTP осуществляется по характеру изменения кривой накопления сигнала в течение трех раундов ПЦР в режиме реального времени и не требует проведения раундов селекции аптамеров. Если в процессе амплификации библиотека вырождается (становится менее представительной), значит, конкретная модификация dNTP не может быть использована с выбранной полимеразой и другими выбранными условиями амплификации библиотеки, поскольку приводит к конкурентной амплификации. В случае, когда характер кривой накопления сигнала не меняется, делается вывод, что используемый модифицированный трифосфат дезоксинуклеозида не влияет на распределение олигонуклеотидов с различными последовательностями в составе библиотеки, то есть не приводит к изменению её состава с точки зрения применяемого метода детекции. Именно такие производные могут быть использованы в выбранных условиях проведения селекции аптамеров.
Способ применим для быстрой оценки субстратной пригодности модифицированных dNTPs для проведения mod-SELEX и будет полезен при отборе аптамеров для клинической диагностики, медицины и научных исследований.
молекулярная биология
Александр
Чудинов
Васильевич
Старший научный сотрудник
Кандидат химических наук
Отсутствует
-
-
РОССИЯ
София
Георгиева
Георгиевна
Директор института
РОССИЯ
34.15.37
Молекулярная биология клеточной поверхности
31.23.29
Нуклеиновые кислоты и их компоненты
31.23.27
Пептиды, белки
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
01.04.EE
CHEMISTRY, ORGANIC
Ольга
Антипова
Сергеевна
РОССИЯ
Сергей
Лапа
Анатольевич
РОССИЯ
Александр
Чудинов
Васильевич
РОССИЯ
РФФИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "РОССИЙСКИЙ ФОНД ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ"
1037739411489
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российский фонд фундаментальных исследований"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
ИМБ РАН
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
1037736018066
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения