Программа автоматизации потоковых молекулярно-динамических расчетов
мотивы белков структурный анализ белков автоматизация Молекулярная динамика
Программа реализует интерфейс взаимодействия с системами молекулярно-динамических расчетов и позволяет организовать автоматическое выполнение полного цикла молекулярно-динамического эксперимента в распределённой вычислительной среде. Программа обеспечивает балансировку и оптимизацию вычислительных ресурсов при выполнении молекулярно-динамических расчетов с использованием многопроцессорных систем и графических ускорителей. 
Программа позволяет:
– выполнять загрузку и преобразование данных с описанием модели белка/фрагмента белка формате PDB для выполнения вычислительных экспериментов;
– рассчитывать параметры моделирования в зависимости от начальных условий эксперимента;
– инициировать запуск молекулярно-динамических расчетов;
– осуществлять мониторинг состояния процессов молекулярно-динамических расчетов, выполнять распределение нагрузки доступных вычислительных ресурсов;
– выполнять сбор, анализ и хранение результатов экспериментов;
– проводить статистический анализ результатов выполненных экспериментов.
Разработанное программное обеспечение будет применяться в проекте, посвященному всестороннему изучению структурных мотивов белков, созданию базы данных структурных мотивов, программной реализации сервисов для проведения молекулярно-динамических исследований структурных мотивов белков канонических и аберрантных форм. Переход от целых белков к автономным и стабильным структурным мотивам белков обеспечивает снижение вычислительной сложности математических расчетов и повышение производительности структурного анализа, открывает новые возможности и перспективы применения молекулярно-динамического моделирования для решения широкого спектра фундаментальных (изучение процессов «фолдинга») и прикладных задач (изучение конформационных изменений изоформ и аберрантных форм белков).
Анна
Кайшева
Леонидовна
старший научный сотрудник
Кандидат биологических наук
Отсутствует
K-1279-2015
15725698800
592182
https://www.ibmc.msk.ru/articles/article-183
0000-0003-4472-2016
РОССИЯ
Елена
Пономаренко
Александровна
Директор
РОССИЯ
20.23.25
Информационные системы с базами знаний
31.27.15
Структура и функции биополимеров
34.15.15
Пространственная структура и свойства биополимеров
01.02.EP
COMPUTER SCIENCE, ARTIFICIAL INTELLIGENCE
01.01.PN
MATHEMATICS, APPLIED
01.01.PO
MATHEMATICS, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Денис
Петровский
Витальевич
Разработка архитектуры, разработка программного кода
РОССИЯ
Кристина
Мальсагова
Ахмедовна
Разработка алгоритмов и инструментов контроля качества работы программы
РОССИЯ
Владимир
Руднев
Ремович
Разработка и формализация функциональных требований к программному обеспечению. Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных
РОССИЯ
Анна
Кайшева
Леонидовна
Разработка и формализация функциональных требований к программному обеспечению. Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных
РОССИЯ
Кирилл
Никольский
Сергевич
Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных, разработка архитектуры, разработка программного кода
РОССИЯ
Андрей
Лисица
Валерьевич
Формализация требований к совместимости с AstraLinux
РОССИЯ
Людмила
Куликова
Ивановна
Разработка алгоритмов и инструментов контроля качества работы программы
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИБМХ
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
1027739053792
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения