Программа для исследования мезоскопической модели ДНК с открытыми состояниями
математическая модель ДНК мезоскопического уровня учет открытых состояний модель Пейрара-Бишопа-Доксуа геометрические и энергетические характеристики ДНК осреднённый вектор ансамбля открытых состояний
Программа предназначена для исследования математической модели ДНК мезоскопического уровня с учетом открытых состояний в пакете прикладных программ MathWorks MATLAB (https://www.mathworks.com). Программа представляет из себя набор функций с примерами их использования, реализующих расчеты согласно математической постановке оригинальной мезоскопической модели ДНК с открытыми состояниями [1]. В частности, на основе программного комплекса имеется возможность изучения зависимости свободной энергии ДНК от приложенной силы, динамики ДНК в терминах осредненного вектора ансамбля открытых состояний, идентификации и верификации параметров модели на примере сравнения с результатами модели Пейрара-Бишопа-Доксуа (данные предварительно должны быть рассчитаны и сохранены в файл с требуемым названием и расширением). В программе предусмотрена возможность визуализации и анимации результатов моделирования.
Входные параметры программы: геометрические и энергетические характеристики ДНК, соответствующие её определенной конформации, начальные и/или граничные условия задачи моделирования динамики ДНК.
Выходные параметры:
1.	зависимость свободной энергии ДНК от приложенной силы;
2.	результаты расчетов осреднённого вектора ансамбля открытых состояний, меняющегося с течением времени при заданных начальных и граничных условиях;
3.	значения параметров модели ДНК с открытыми состояниями, идентифицированные на основе экспериментальных данных.
Исследования математической модели ДНК мезоскопического уровня с учетом открытых состояний
Александр
Никитюк
Сергеевич
научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Отсутствует
B-3731-2018
57190939014
566685
0000-0001-6777-7525
РОССИЯ
Олег
Плехов
Анатольевич
Директор
РОССИЯ
30.51.43
Биомеханика
27.35.43
Математические модели биологии
29.17.41
Статистическая термодинамика
01.06.DA
BIOPHYSICS
Александр
Никитюк
Сергеевич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ПФИЦ УРО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ПЕРМСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР УРАЛЬСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
1025900517378
ОЛЕГ
ПЛЕХОВ
АНАТОЛЬЕВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения