Программа для демультипликации FASTQ файлов на основе генетических баркодов (fastq_demultiplexer)
генетические баркоды мультиплексные  данные  секвенирования демультиплексирование библиотек нуклеотидные последовательности геномов
Программное обеспечение предназначено для разбора мультиплексных данных секвенирования нового поколения в формате FASTQ на основе генетических баркодов, указанных в имени каждого чтения или вставленных непосредственно в сами нуклеотидные последовательности. 
Программа «Программа для демультипликации FASTQ файлов на основе генетических баркодов (fastq_demultiplexer)» разработана на языке программирования Python v3.6.  Программа fastq_demultiplexer представлена в виде консольного приложения и запускается из основного модуля пакета EXONtools. Конечным продуктом работы программы являются FASTQ файлы, соответствующие отдельным библиотекам секвенирования нового поколения, а также таблица с указанием названий библиотек и количества чтений. Программа fastq_demultiplexer группирует чтения согласно их баркодам в отдельные FASTQ файлы. Исходные последовательности баркодов и названия библиотек указываются пользователем в отдельном файле. Используемый программный алгоритм позволяет находить баркоды даже с одной или двумя ошибками. В случае возникновения сомнительных результатов алгоритм программы автоматически исключает чтение из результатов демультиплексирования. Дополнительно FASTQ файл может быть разделен, исходя из общих паттернов в названии чтений, указанных пользователем при запуске команды с применением маски регулярного выражения.
Использование в научно- исследовательских и клинических лабораториях, специализирующихся на анализе геномов и их участков с помощью методов секвенирования  нового поколения
Кирилл
Винников
Андреевич
Директор
Кандидат биологических наук
Отсутствует
AAC-6473-2020
16317916400
180415
РОССИЯ
Александр
Самардак
Сергеевич
Проректор по научной работе
РОССИЯ
34.47.51
Экологическая токсикология
34.35.25
Биоценозы. Экосистемы
34.35.33
Гидробиология
01.06.GU
ECOLOGY
Александр
Семенченко
Анатольевич
Тестирование алгоритма программы на реальных данных
РОССИЯ
Кирилл
Винников
Андреевич
Постановка задачи, разработка алгоритма, его реализация в исходном коде программы и проведение тестирования на реальных данных
РОССИЯ
Дана
Танадбаева
Адильевна
Тестирование алгоритма программы на реальных данных
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО "ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ", ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, ФГАОУ ВО ДВФУ, ДВФУ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
1022501297785
НИКИТА
АНИСИМОВ
ЮРЬЕВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения