«Программа для визуализации расположения генов на кольцевых хромосомах и экстрахромосомных репликонах» (ViCiRep)
КОЛЬЦЕВАЯ ХРОМОСОМА, РЕПЛИКОН, ESCHERICHIA COLI, БАКТЕРИЯ
К преимуществам данной программы относятся:•Автоматизированное выгрузка разметки бактериальных геномов из публичной базы данных NCBI;•Гибкое масштабирование кольцевых репликонов;•Генерация визуализации в открытом векторном формате SVG, обеспечивающее простую постобработку визуализации;•Гибкая фильтрация отображаемых генов. Основные технические характеристики:Язык программирования: Go, HTML, JavaScriptПрограммное обеспечение – (25 Мбайт)Примечание:При создании программы:1. использовалась стандартная библиотека языка Go (распространяется по стандартной лицензии BSD license на сайте https://golang.org/);2. использовалась библиотека для визуализации данных D3js (распространяется по стандартной лицензии BSD license, доступна на сайте https://d3js.org);3. использовалась библиотека для визуализации кольцевых диаграмм CircosJS (распространяется по стандартной лицензии GNU General Public License v2.0, доступна по адресу https://github.com/nicgirault/circosJS).
Программа ViCiRep предназначена для визуализации кольцевых бактериальных репликонов и отображения позиций генов. Программа позволяет генерировать визуализацию кольцевых репликонов бактерий с указанием положения генов, относящихся к различным функциональным группам. Принадлежность генов к функциональным категориям отмечается цветом.
Нижников А.А.
Доцент
Кандидат биологических наук
Лебедева Е.В.
Начальник Управления научных исследований
34.15.23
Молекулярная генетика
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Кирилл
Антонец
Сергеевич
60%
Антон
Нижников
Александрович
40%
Минобрнауки России
Министерство образования и науки Российской Федерации
1047796287440
Организация
Министерство образования и науки Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербургский университет, СПбГУ
федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет"
1037800006089
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения