Программа искусственного интеллекта для поиска и сегментации трехмерных белковых структур
структурные мотивы белков цифровое зрение классификация Методы искусственного интеллекта
Программа предназначена для индексации, поиска и сегментации трехмерных белковых структур в открытых (общедоступных) базах данных по их топологическим характеристикам с использованием технологии искусственных нейронных сетей.  
Программа позволяет осуществлять:
– обучение нейронной сети по технологии неконтролируемого обучения на данных, представленных в общедоступных репозиториях белковых структур Protein Database, AlphaFold и т.п.;
– автоматическое отображение белковых структур в свернутое векторное пространство (формирование уникальных отпечатков структур), их группировку и индексацию;
– быстрый поиск белковых структур произвольной длины со сложными пространственными отношениями внутри структурной последовательности белков. В том числе распознавание областей высокой пространственной кривизны: петель, витков, изгибов, участков с уникальной топологией. Алгоритмы поиска устойчивы к структурам, имеющим низкое качество данных, плохое разрешение, разреженные белковые последовательности, разрывы цепей. 
Программа предоставляет открытый интерфейс для взаимодействия со сторонними приложениями, которые реализуют функции поиска и локализации в общедоступных базах данных запрошенных структур и обеспечивает оценку их структурного сходства.
Разработанное программное обеспечение будет применяться в проекте, посвященном всестороннему изучению структурных мотивов белков, развитию экспериментальных методов их обнаружения и классификации с использованием нейроморфных технологий, созданию базы данных структурных мотивов, а также программной реализации сервисов для проведения молекулярно-динамических исследований структурных мотивов белков канонических и аберрантных форм. Переход от целых белков к автономным и стабильным структурным мотивам белков обеспечивает снижение вычислительной сложности математических расчетов и повышение производительности структурного анализа, открывает новые возможности и перспективы применения молекулярно-динамического моделирования для решения широкого спектра фундаментальных (изучение процессов «фолдинга») и прикладных задач (изучение конформационных изменений изоформ и аберрантных форм белков).
Анна
Кайшева
Леонидовна
старший научный сотрудник
Кандидат биологических наук
Отсутствует
K-1279-2015
15725698800
592182
https://www.ibmc.msk.ru/articles/article-183
0000-0003-4472-2016
РОССИЯ
Елена
Пономаренко
Александровна
Директор
РОССИЯ
28.23.37
Нейронные сети
20.23.25
Информационные системы с базами знаний
31.27.15
Структура и функции биополимеров
34.15.15
Пространственная структура и свойства биополимеров
01.02.EP
COMPUTER SCIENCE, ARTIFICIAL INTELLIGENCE
01.01.PN
MATHEMATICS, APPLIED
01.01.PO
MATHEMATICS, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Кирилл
Никольский
Сергеевич
Разработка архитектуры, разработка программного кода
РОССИЯ
Владимир
Руднев
ремович
Разработка и формализация функциональных требований к программному обеспечению. Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных
РОССИЯ
Денис
Петровский
Витальевич
Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных, разработка архитектуры, разработка программного кода
РОССИЯ
Кристина
Мальсагова
Ахмедовна
Разработка алгоритмов и инструментов контроля качества работы программы
РОССИЯ
Андрей
Лисица
Валерьевич
Формализация требований к совместимости с AstraLinux
РОССИЯ
Анна
Кайшева
Леонидовна
Разработка и формализация функциональных требований к программному обеспечению. Разработка концепции программного обеспечения и алгоритмов обработки данных
РОССИЯ
Людмила
Куликова
Ивановна
Разработка алгоритмов и инструментов контроля качества работы программы
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИБМХ
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
1027739053792
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения