«Программа для сборки транскриптома из баркодированныж прочтений» (cloudrnaSPAdes)
новые изоформы редкие изоформы баркодированные прочтения Сборка транскриптомов
cloudrnaSPAdes, инструмент для сборки полноразмерных изоформ из данных баркодированного RNA-секвенирования с использованием баркодированных прочтений без референсного генома. На симулированных и реальных данных человека cloudrnaSPAdes точно собирает последовательности изоформ даже для генов с их высоким разнообразием. 
К преимуществам данной программы (по отношению к известным) относятся:
.возможность работать с технологиями, предлагающими низкое покрытие прочтениями для каждого баркода;
.автоматическое кластеризация изоформ по похожести с использованием графовой структуры;
.работа с баркодированными короткими прочтениями позволяет получить гораздо больший объем информации чем при работе с длинными прочтениями при сравнимой качестве сборки;
.Гибкое алгоритмическое решение, использующее программный код семейства программ SPAdes;
.удобство и простота использования; 
.высокая чувствительность метода
Данный РИД может быть использован для сборки транскриптомов в задачах персонализированной медицины, при поиске редко экспрессирующихся изоформ,  а также для оценки РНК-разнообразия немодельных организмов
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
Дмитрий
Мелешко
Алексеевич
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"С-7803-2018"
"57194195798"
"9245-0155"
"0000-0002-7398-9820"
РОССИЯ
Правительство России
Правительство Российской Федерации
Организация
-
-
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
1037800006089
НИКОЛАЙ
КРОПАЧЕВ
МИХАЙЛОВИЧ
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения