Программа для ЭВМ «Программа для метагеномного биннинга pyYAMB»
К-МЕРЫ МЕТАГЕНОМ СЕКВЕНИРОВАНИЕ МЕТАГЕНОМНЫЙ БИННИНГ
Программа предназначена для реконструкции геномов на основании метагеномных данных — метагеномного биннинга. В качестве входных файлов программа использует данные секвенирования и метагеномную сборку. Программа фрагментирует метагеном, определяет глубину покрытия и распределение частот к-меров (фрагментов ДНК произвольной длины), затем проводит нормализацию данных, уменьшение размерности данных, кластеризацию. Готовые метагеномные бины доступны пользователю в формате FASTA, промежуточные данные экспортируются в виде текстовых таблиц, что позволяет продолжить работу с данными с любого этапа. Визуализация результата кластеризации данных доступна пользователю в растровом и векторном форматах. Программа позволяет использовать преимущества многопоточности на всех этапах работы. ОС: Linux, macOS.
База данных может использоваться специалистами в области биоинформатики и молекулярной биологии
20.53.19
Средства обработки и поиска информации
34.15.01
Общие вопросы
Алексей
Корженков
Александрович
"Отсутствует"
"Отсутствует"
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения