Биоинформатическая реклассификация диагнозов образцов глиом человека из баз The Cancer Genome Atlas u Chinese Glioma Genome Atlas согласно определениям Всемирной Организации Здравоохранения от 2021 года
глиобластома диффузные глиомы взрослого типа классификация опухолей ЦНС ВОЗ атлас генома рака TCGA эпигенетические профили транскриптомика геномика биомаркеры рака
В результате работы был создан новый способ проведения уточнённой диагностической оценки опухоли глиомы на основе проведённого биоинформатического анализа и использования разработанных алгоритмов. Данный способ является уникальным и не имеет мировых аналогов. Основанием для реклассификации явилась опубликованное в 2021 г. 5-е издание классификации ВОЗ опухолей центральной нервной системы (ВОЗ ЦНС5).
Молекулярные особенности опухолей были непосредственно включены в диагностическое дерево решений, что повлияло как на типирование, так и на стадирование опухоли. Это полностью изменило традиционный подход, основанный исключительно на гистопатологической классификации опухолей ЦНС. Одним из основных источников исчерпывающей молекулярной информации о глиомах, включая клинически аннотированные транскриптомные и геномные профили, является проект «Атлас генома рака» (TCGA). Хотя сам TCGA сыграл ключевую роль в разработке классификации ВОЗ ЦНС5, ее собственные базы данных для глиом низкой степени злокачественности и глиобластом по-прежнему содержат устаревший диагноз, который часто кажется неверным и вводящим в заблуждение в соответствии со стандартами ВОЗ ЦНС5.
Здесь мы впервые классифицировали образцы глиомы TCGA в соответствии с правилами ВОЗ ЦНС5, используя доступную молекулярную и клиническую информацию, а также обновленный тип опухоли и диагноз для 853 из 1122 случаев глиомы. Доступные данные транскриптомии и метилирования показали лучшие характеристики кластеризации для обновленной классификации. Мы также наблюдали лучшую стратификацию по общей выживаемости для обновленных диагнозов, однако IDH-мутантные олигодендроглиомы 3 степени ВОЗ и астроцитомы по-прежнему неразличимы. Мы также обнаружили измененную производительность предыдущих транскриптомных молекулярных биомаркеров выживания (экспрессия генов SPRY1, CRNDE и FREM2 и молекулярный путь FREM2) после переклассификации. Таким образом, в данной работе мы представляем новый способ анализа на основе данных, полученных при исследовании образцов глиомы в соответствии с последней классификацией опухолей ЦНС.
Практическая реализация разработанного способа проведения уточнённой диагностической оценки опухоли глиомы позволит повысить точность существующих коммерческих систем молекулярной онкодиагностики, давая возможность снизить операционные расходы на уточнение молекулярного типа опухоли и определения схемы лечения пациента.
Павел
Волчков
Юрьевич
Ведущий научный сотрудник - заведующий лабораторией
Кандидат биологических наук
Отсутствует
H-4743-2013
12792924200
166498
https://orcid.org/ 0000-0001-9794-6297
РОССИЯ
Сергей
Гаричев
Николаевич
Директор по исследованиям, разработкам и коммерциализации
РОССИЯ
76.29.49
Онкология
20.53.19
Средства обработки и поиска информации
03.01.QA
MEDICINE, RESEARCH & EXPERIMENTAL
03.02.DM
ONCOLOGY
Максим
Сорокин
Игоревич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
МФТИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ)"
1027739386135
НИКОЛАЙ
КУДРЯВЦЕВ
НИКОЛАЕВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения