Программный комплекс для выявления обогащения цис-регуляторных элементов в выборке функциональных районов генома (CisCross)» / “Software package for detection of cis-regulatory elements enrichment in a set of genome functional regions (CisCross)
оценка вероятности обогащения с помощью точного теста Фишера и метода Монте-Карло оценка обогащения элементов цис-регуляторные элементы
Программный комплекс (ПК) CisCross предназначен для выявления цис-регуляторных элементов (ЦРЭ), значимо обогащенных в тестовой выборке геномных районов, по отношению к выборке с контрольным содержанием ЦРЭ. Вывод об обогащении ЦРЭ определённого типа делается на основе расчёта значимости обогащения их содержания в тестовой выборке по сравнению с контрольной. ПК содержит блок расчёта значимости по количеству районов, перекрывающих ЦРЭ, и блок расчёта значимости по длине перекрывания ЦРЭ с районами.
Программный комплекс может быть использован в биоинформатике и генетике для выявления специфических транскрипционных факторов, сайты связывания которых, определённые по результатам массового секвенирования ChIP-seq, обогащены в промоторных районах генов, значимо изменяющих свою экспрессию по результатам анализа полного транскриптома RNA-seq.
Виктор
Левицкий
Георгиевич
с.н.с.
Кандидат биологических наук
Отсутствует
R-5696-2016
56253624200
-
http://assa.bionet.nsc.ru/#/reports/person/420/
0000-0002-4905-3088
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.15.23
Молекулярная генетика
34.15.25
Молекулярная биология гена
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Виктор
Левицкий
Георгиевич
Разработка алгоритма, Программная реализация алгоритма, Разработка данных программы, Разработка спецификации программы.
РОССИЯ
Виктория
Миронова
Владимировна
Разработка алгоритма, Разработка данных программы
РОССИЯ
Виктория
Лавреха
Вадимовна
Программная реализация алгоритма, разработка данных программы
РОССИЯ
РНФ
Российский научный фонд
1137799022261
Организация
Организации, учрежденные юридическими лицами или гражданами, или юридическими лицами и гражданами совместно
Фонды
ИЦИГ СО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
1025403657410
АЛЕКСЕЙ
КОЧЕТОВ
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения