Программа для идентификации метаболических модулей по транскриптомным данным со сложным экспериментальным дизайном
метаболизм транскриптомные данные метаболическая модель
Программа предназначена для анализа метаболических моделей (сетей) с целью идентификации регулируемых метаболических модулей (подсетей) по транскриптомным данным со сложным экспериментальным дизайном, подразумевающим наличие большого количества разнообразных биологических образцов. Разработанный метод используется для изучения регуляции метаболизма. Программа принимает на вход метаболическую сеть, а также таблицу с данными экспрессии генов в различных образцах. Метаболическая сеть представлена в виде графа c вершинами, соответствующими метаболитам, и рёбрами, соответствующими реакциям с экспрессированными генами. В этом графе метод пытается найти набор связанных подграфов, каждый из которых соответствует определенному шаблону экспрессии. Исходные шаблоны экспрессии определяются с помощью кластеризации k-средних на матрице генной экспрессии, а затем уточняются в итеративном процессе. Результатом является набор активных модулей, содержащих расположенные близко в метаболической сети совместно регулируемые гены.
Изучение регуляции метаболизма.
Владимир
Ульянцев
Игоревич
Доцент
Кандидат технических наук
Отсутствует
нет данных
нет данных
РОССИЯ
Владимир
Васильев
Николаевич
Ректор
РОССИЯ
27.41.41
Алгоритмы решения задач вычислительной и дискретной математики
01.02.EV
COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
Анастасия
Гайнуллина
Наильевна
Разработка общей концепции, написание кода, тестирование и отладка программы (33 %)
РОССИЯ
Алексей
Сергушичев
Александрович
Разработка общей концепции, написание кода и тестирование программы (34 %)
РОССИЯ
Максим
Артемов
Разработка общей концепции и тестирование программы (33 %)
РОССИЯ
УНИВЕРСИТЕТ ИТМО; НИУ ИТМО; ИТМО
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИТМО"
1027806868154
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения
УНИВЕРСИТЕТ ИТМО; НИУ ИТМО; ИТМО
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИТМО"
1027806868154
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения