Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов ( ОСДЭГ ) / Software tool to search enriched transcription factor binding sites in promoters of differential expressed genes (ESDEG)
поиск обогащенных сайтов связывания промотор транскрипционный фактор биоинформатический анализ
Программа предназначена для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) на основе результата анализа полного транскриптома (эксперимент RNA-seq) и списка известных мотивов ССТФ. Программа распознаёт ССТФ в промоторах и на основе результата эксперимента RNA-seq отделяет тестовую группу промоторов ДЭГ. Из списка остальных промоторов (не ДЭГ) многократно составляется случайным образом фоновая группа и строится распределение вероятности распознавания ССТФ для фоновой выборки, относительно которой оценивается значимость обогащения ССТФ в тестовой группе.
Программа может быть использована в биоинформатике.
Николай
Колчанов
Александрович
научный руководитель
Доктор биологических наук
Академик
A-9916-2014
35444766700
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Виктор
Левицкий
Георгиевич
Разработка алгоритма, программная реализация алгоритма, разработка данных программы, разработка спецификации программы
РОССИЯ
Антон
Цуканов
Витальевич
Разработка данных программы
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦиГ СО РАН
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»
1025403657410
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения