Создание базы вариантов экзонных пар для индексирования и быстрого картирования химерных транскриптов из библиотек прочтений РНК-секвенирования
клиническая онкология молекулярная диагностика опухолей секвенирование РНК рецептор тирозинкиназы фьюжн-онкоген
В результате работы были получены данные вариантов экзомных пар для индексирования и быстрого картирования химерных транскриптов, применимых для персонализированного подбора тирозикиназных онкопрепаратов таргетного действия, на основе проведённого биоинформатического анализа и разработанных алгоритмов. Данные являются уникальными и не имеет мировых аналогов.
Терозинкиназные онкопрепараты, нацеленные на онкогенные слитые белки рецепторной тирозинкиназы (RTK), демонстрируют впечатляющую противораковую активность. Присутствие слияния в раке является соответствующим биомаркером назначения лекарств, но их идентификация является сложной задачей, поскольку как точка разрыва, так и точные партнеры слияния неизвестны. Преимущество РНК секвенирования заключается в обнаружении обеих частей слияния путем скрининга считываний секвенирования. Тканевые блоки из парафина (FFPE) являются наиболее распространенным способом хранения биоматериалов рака в биобанках. Однако поиск RTK-слияний в образцах FFPE является сложной задачей, поскольку фрагменты РНК короткие, а их артефакт лигирования может появиться в библиотеках секвенирования.
Для получения данных мы аннотировали чтения РНК секвенирования 764 экспериментальных образцов солидного рака FFPE, 96 образцов лейкемии и 2 клеточных линий и идентифицировали 36 предполагаемых клинически значимых слияний RTK с соединениями, соответствующими границам экзонов партнеров по слиянию. Предполагаемые слияния проверялись с помощью ОТ-ПЦР (подтверждено для 10/25 протестированных слияний). Для подтвержденных слияний 3'RTK мы наблюдали следующие отличительные черты. Обе части были внутри рамки, и домен тирозинкиназы был сохранен. Покрытие экзона RTK считываниями РНК секвенирования выше места соединения было ниже, чем ниже. Наконец, большинство истинных слияний присутствовало более чем в одном прочтении РНК секвенирования. Это обеспечивает основу для автоматической аннотации слияний 3'RTK с использованием профилей FFPE РНК секвенирования.
База данных вариантов экзомных пар для индексирования и быстрого картирования химерных транскриптов из библиотек прочтений РНК-секвенирования позволит повысить точность существующих коммерческих систем молекулярной онкодиагностики, давая возможность снизить операционные расходы на уточнение молекулярного типа опухоли и определения схемы лечения пациента.
Павел
Волчков
Юрьевич
Ведущий научный сотрудник - заведующий лабораторией
Кандидат биологических наук
Отсутствует
H-4743-2013
12792924200
166498
https://orcid.org/ 0000-0001-9794-6297
РОССИЯ
Сергей
Гаричев
Николаевич
Директор по исследованиям, разработкам и коммерциализации
РОССИЯ
76.29.49
Онкология
20.53.19
Средства обработки и поиска информации
03.01.QA
MEDICINE, RESEARCH & EXPERIMENTAL
03.02.DM
ONCOLOGY
Максим
Сорокин
Игоревич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
МФТИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ)"
1027739386135
НИКОЛАЙ
КУДРЯВЦЕВ
НИКОЛАЕВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения