Программа для построения и анализа неравновесного сцепления в окрестностях полиморфизма в различных популяционных группах
генетика популяционные группы
Для построения карт неравновесного сцепления требуется указать уникальный идентификатор полиморфизма (RS Id), размер фланкирующий окрестности полиморфизма и популяционную группу. Карты неравновесного сцепления строятся на основе набора данных 1000 Genomes 30х on GRCh38, содержащего 3202 образца из 26 популяций. В качестве популяционных групп можно указать всю группу популяций (группа ALL, 3202 образца), европейскую группу (группа EUR, 633 образца) и центрально-европейскую группу (группа CEU, 179 образцов). Получаемые карты неравновесного сцепления накладываются на отображение в геномном браузере UCSC исследуемой окрестности с позициями генов и других геномных элементов. Реализована подсветка позиции исследуемого полиморфизма и выявленных блоков неравновесного сцепления, которые также выводятся в табличном формате. Область применения: в исследованиях – для изучения групп сцепленных полиморфизмов; для определения границ локусов в некодирующем геноме при создании таргетных панелей; при полногеномном анализе ассоциаций – для выявления по лидирующему полиморфизму регионов, наиболее вероятно содержащих каузальный вариант.
Программа относится к области биологии (генетики) и предназначена для построения и анализа карты неравновесного сцепления в геномной окрестности заданного полиморфизма в различных популяционных группах.
Николай
Скобликов
Эдуардович
лаборант каф. инфекционных болезней и эпидемиологии ФПК и ППС
Отсутствует
Отсутствует
-
56600699300
98227
0000-0001-7735-0920
РОССИЯ
Сергей
Алексеенко
Николаевич
Ректор
РОССИЯ
76.03.39
Медицинская генетика. Медико-генетическое консультирование
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
Николай
Скобликов
Эдуардович
РОССИЯ
ФГБОУ ВО КУБГМУ МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "КУБАНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1022301430590
СЕРГЕЙ
АЛЕКСЕЕНКО
НИКОЛАЕВИЧ
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения
ФГБОУ ВО КУБГМУ МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "КУБАНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1022301430590
СЕРГЕЙ
АЛЕКСЕЕНКО
НИКОЛАЕВИЧ
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения