Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias) / Software tool to generate background DNA sequences in motif enrichment analysis of massive sequencing data (SuppressBias)
поиск мотивов de novo биоинформатический анализ
Программа «SuppressBias» предназначена для генерации выборки негативных последовательностей ДНК с целью исключения влияния фоновых мотивов обогащенных в геномной ДНК в целом при анализе обогащения мотивов в полногеномных данных массового секвенирования Программа производит поиск в полном геноме последовательностей ДНК, соответствующих последовательностям позитивной выборки по длине и составу k-меров (коротких подпоследовательностей длины k). Программа содержит блок оценки распределения частот k-меров в позитивной выборке и блок генерации выборки негативных последовательностей ДНК. Программа генерирует выборку негативных последовательностей ДНК, в которой распределения длин и частот k-меров отражает таковые для позитивной выборки. Программа может учитывать k-меры длин от 1 до 4.
Программа может быть использована в биоинформатике и генетике для выявления обогащения отдельных мотивов или для поиска обогащённых мотивов с помощью подхода de novo.
Николай
Колчанов
Александрович
научный руководитель
Доктор биологических наук
Академик
A-9916-2014
35444766700
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Виктор
Левицкий
Георгиевич
Разработка алгоритма, программная реализация алгоритма, разработка данных программы, разработка спецификации программы
РОССИЯ
Антон
Цуканов
Витальевич
Разработка данных программы
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦиГ СО РАН
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»
1025403657410
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения