Программа PhylogenSARS для филогенетического анализа данных полногеномного секвенирования вируса SARS-CoV-2, вызывающего коронавирусную инфекцию COVID-19
коронавирус филогенетика COVID-19 SARS
Программа представляет собой набор скриптов, позволяющих получить последовательности генома исследуемых организмов и построить для них филогенетическое дерево. На вход программы поступают сырые прочтения в формате fastq, полученные методами высокопроизводительного секвенирования для обогащенных мультиплекс амплификацией библиотек, последовательности праймеров, использовавшихся в процессе амплификации и референсный геном исследуемого организма. Далее массив входных данных обрабатывается до получения консенсусных последовательностей. После этого прошедшие контроли качества последовательности и метаданные дополняют файлы с мировыми данными (или их частью, выбранной пользователем), получаемыми из БД GISAID, после чего с помощью предустановленной программы nextstrain по описанному шаблону производится построение дерева.
Программа позволяет анализировать данные секвенирования, получать последовательности генома исследуемых организмов и строить для них филогенетическое дерево
Дмитрий
Коростин
Олегович
ст.н.с. Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины
Отсутствует
Отсутствует
AAD-9807-2019
34977057500
584897
0000-0003-1343-2550
РОССИЯ
Денис
Ребриков Д.В.
Владимирович
Проректор по научной работе
РОССИЯ
76.03.33
Медицинская цитология
76.03.39
Медицинская генетика. Медико-генетическое консультирование
01.06.DR
CELL BIOLOGY
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
Егор
Боцманов
Игоревич
Сравнительный анализ существующих алгоритмов получения консенсусных последовательностей генома из сырых прочтений. Подбор подходящих решений и оптимизация параметров для предварительной обработки сырых прочтений, их выравнивания на референсный геном, коллинга коротких делеций и однонуклеотидных вариантов, сборки консенсусных последовательностей, сбора и анализа метрик по покрытию, качеству коллинга. Подбор оптимальных пороговых значений для фильтрации. Разработка алгоритма и написание кода для вышеупомянутых этапов.
РОССИЯ
Ирина
Булушева
Алексеевна
Разработка алгоритма и написание кода, работа с ПО nextstrain и БД GISAID, обработка и интеграция внутрилабораторных референсных образцов, построение филогенетических деревьев
РОССИЯ
Екатерина
Шубина
Сергеевна
Формулировка технического задания, исследования оптимального решения в разработке алгоритма
РОССИЯ
Андрей
Кривой
Анатольевич
Тестирование программы
РОССИЯ
Дмитрий
Коростин
Олегович
Формулировка технического задания
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО РНИМУ ИМ. Н.И. ПИРОГОВА МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "РОССИЙСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.И. ПИРОГОВА" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1027739054420
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения