Автоматизированный анализ состава микробных сообществ по данным высокопроизводительного секвенирования маркерных генов с помощью пакета Microeco
Представленность микроорганизмов
Программное обеспечение предназначено для анализа данных высокопроизводительного секвенирования ампликонов ITS (внутреннего транскрибируемого спейсера) и 16S рРНК. В качестве исходных данных могут быть использованы таксономически проаннотированные таблицы представленности операционных таксономических единиц (OTU) или вариантов амплифицированных последовательностей (ASV). Алгоритм включает перевод данных в R6 класс, расчет состава сообществ, альфа-разнообразия, бета-разнообразия, дифференциальной представленности, корреляций с факторами окружающей среды, а также визуализацию результатов проведенного анализа.
Технологии хранения и анализа больших данных
Максим
Патрушев
Владимирович
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Отсутствует
-
-
-
-
РОССИЯ
Кирилл
Борисов
Евгеньевич
Главный ученый секретарь Центра
РОССИЯ
34.27.23
Экология микроорганизмов
01.02.EW
COMPUTER SCIENCE, SOFTWARE ENGINEERING
01.06.GU
ECOLOGY
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Максим
Патрушев
Владимирович
РОССИЯ
Александра
Козлова
Дмитриевна
РОССИЯ
Степан
Тощаков
Владимирович
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения