Способ дифференциации штаммов Pseudomonas aeruginosa с помощью молекулярно-генетического типирования
ДНК ПЦР ПРАЙМЕРЫ ГЕНЫ INDEL-ТИПИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ТИПИРОВАНИЕ PSEUDOMONAS AERUGINOSA
Изобретение относится к области медицинской микробиологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов Pseudomonas aeruginosa, которое может быть использовано при эпидемиологической диагностике внутрибольничных гнойно-септических, нозокомиальных инфекций на основе внутривидового типирования возбудителя. Способ дифференциации штаммов Pseudomonas aeruginosa с помощью INDEL-типирования включает выделение ДНК из исследуемого штамма P. aeruginosa, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет реакции с помощью электрофореза. Из ДНК исследуемого штамма выявляют четыре общих INDEL-генов, имеющих делеции определенного размера, а именно IND-РА0168, РА3324, РА0659 и РА1451, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля: к гену IND-PA0168 - праймеры AGGACATGGACTGCGTGG и CCTGCTGCAGGCACTTGG с длиной амплифицированного фрагмента 100 п. н. или 114 п. н.; к гену IND-РА3324 - праймеры GAGTCCCGGATGTGGTAGTC и GATCACGCTCCACAGGTTGA с длиной амплифицированного фрагмента 99 п. н. или 113 п. н.; к гену IND-РА0659 - праймеры GCGGCATCATCATCGAGAAG и CTGGGCGGTGTGTAGGGA с длиной амплифицированного фрагмента 106 п. н. или 112 п. н.; к гену IND-РА1451 - праймеры CAATTTCAGCGCCGGCGG и CGAAGACGAACTGGACGAAC с длиной амплифицированного фрагмента 100 п. н. или 109 п. н. Учет результатов дифференциации проводят визуально после электрофореза в 8% полиакриламидном геле в присутствии маркера молекулярных масс ДНК. Путем сравнения выявленных INDEL-генотипов между собой и с известными генотипами идентификационной таблицы устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов P. aeruginosa. Способ позволяет достоверно, быстро и с низкой себестоимостью осуществлять внутривидовую дифференциацию штаммов Р. aeruginosa.
Способ позволяет достоверно, быстро и с низкой себестоимостью осуществлять внутривидовую дифференциацию штаммов Pseudomonas aeruginosa.  Изобретение может быть использовано при эпидемиологической диагностике внутрибольничных гнойно-септических, нозокомиальных инфекций на основе внутривидового типирования возбудителя.
34.27.05
Методы и аппаратура в микробиологии
34.27.59
Эпидемиология микроорганизмов
Алексей
Ковалевич
Александрович
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"880034"
"https://orcid.org/0000-0001-6926-0239"
"0000-0001-6926-0239"
РОССИЯ
Сергей
Водопьянов
Олегович
"Доктор медицинских наук"
"Отсутствует"
"6701686549"
"6701686549"
"289536"
"https://orcid.org/0000-0003-4336-0439"
"0000-0003-4336-0439"
РОССИЯ
Алексей
Водопьянов
Сергеевич
"Кандидат медицинских наук"
"Отсутствует"
"G-2780-2012"
"6506267755"
"554191"
"https://orcid.org/0000-0002-9056-3231"
"0000-0002-9056-3231"
РОССИЯ
РОСПОТРЕБНАДЗОР
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО НАДЗОРУ В СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА
1047796261512
АННА
ПОПОВА
ЮРЬЕВНА
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Федеральное казённое учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1026103278959
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения