Программа моделирования аминокислотных замен и посттрасляционных модификаций в трехмерных структурах белков
Моделирование белковых цепей аминокислотная замена посттрасляционная модификация библиотека ротамеров
Программа предназначена для моделирования трехмерной конформаций боковых цепей белков для канонических и неканонических аминокислотных остатков. Моделирование конформаций боковых цепей белков позволяет получать трехмерные модели белковых структур, образующихся в результате аминокислотных замен и посттрасляционных модификаций.
Программа позволяет:
–создавать библиотеки ротамеров для канонических и неканонических аминокислотных остатков. Библиотеки ротамеров (сокращение от англ. «rotational isomer») представляют собой низкоэнергетические конформации боковых цепей, представленных в виде набора значений двугранных углов для каждой степени свободы;
–моделировать положение боковых цепей модифицированных белков с использованием алгоритмов, основанных на физической модели белка. 
В Программе реализовано четыре алгоритма моделирования.
Разработанная программа применяется в проекте, посвященному изучению структурных мотивов белков; для развития экспериментальных методов обнаружения и классификации структурных мотивов с использованием нейроморфных технологий; для создания оригинальной базы данных структурных мотивов; и программной реализации сервисов для проведения молекулярно-динамических исследований структурных мотивов белков канонических и аберрантных форм. Переход от целых белков к автономным и стабильным структурным мотивам обеспечит прорыв в методах молекулярно-динамического моделирования, посредством кардинального снижения вычислительной сложности симуляции и повышения производительности структурного анализа, открывает новые возможности и перспективы применения молекулярно-динамического моделирования для решения широкого спектра фундаментальных (изучение процессов «фолдинга») и прикладных задач (изучение конформационных изменений изоформ и аберрантныхформ белков).
Анна
Кайшева
Леонидовна
Старший научный сотрудник, руководитель группы биобанкинга
Доктор биологических наук
Отсутствует
K-1279-2015
15725698800
592182
https://www.ibmc.msk.ru/articles/article-183
0000-0003-4472-2016
РОССИЯ
Елена
Пономаренко
Александровна
Директор
РОССИЯ
34.15.15
Пространственная структура и свойства биополимеров
31.27.15
Структура и функции биополимеров
20.23.25
Информационные системы с базами знаний
28.23.29
Программная реализация интеллектуальных систем
01.01.PN
MATHEMATICS, APPLIED
01.01.PO
MATHEMATICS, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
01.02.EP
COMPUTER SCIENCE, ARTIFICIAL INTELLIGENCE
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Денис
Петровский
Витальевич
РОССИЯ
Кирилл
Никольский
Сергеевич
РОССИЯ
Владимир
Руднев
Ремович
РОССИЯ
Людмила
Куликова
Ивановна
РОССИЯ
Кристина
Мальсагова
Ахмедовна
РОССИЯ
Анна
Кайшева
Леонидовна
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИБМХ
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
1027739053792
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения