Программа PhylogenSARS-2 для анализа данных полногеномного секвенирования вируса SARS-CoV-2, вызывающего коронавирусную инфекцию COVID-19
SARS COVID-19 коронавирус геном коронавируса
Программа является улучшенной версией программы PhylogenSARS и генерирует существенно более точную последовательно генома вируса SARS-COV-2 в изучаемом образце. На вход программы поступают сырые прочтения в формате fastq, полученные методами высокопроизводительного секвенирования для обогащенных мультиплекс амплификацией библиотек, последовательности праймеров, использовавшихся в процессе амплификации, и референсный геном исследуемого организма. В программу были внесены следующие изменения относительно предыдущей версии: добавлена проверка на одноконцевые и парноконцевые прочтения; добавлен контроль качества прочтений после обрезания праймеров, на основе которого определяется количество нуклеотидов в начале прочтений, которые должны быть обрезаны для улучшения качества данных. Это позволяет получать более точное выравнивание на референсный геном, что способствует улучшению качества получаемой консенсусной последовательности. На основе полученной консенсусной последовательности с помощью предустановленной программы Pangolin определяется наиболее вероятный вариант (штамм) организма из реестра номенклатуры Pangolin, который необходим для выгрузки данных на платформу VGARus.
Программа позволяет анализировать данные секвенирования, получать последовательности генома исследуемых организмов
Дмитрий
Коростин
Олегович
Старший научный сотрудник
Кандидат медицинских наук
Отсутствует
AAD-9807-2019
34977057500
584897
0000-0003-1343-2550
РОССИЯ
Дмитрий
Шагин
Алексеевич
Проректор по инновационной деятельности
РОССИЯ
76.03.39
Медицинская генетика. Медико-генетическое консультирование
76.03.33
Медицинская цитология
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
01.06.DR
CELL BIOLOGY
Дмитрий
Коростин
Олегович
РОССИЯ
Юлия
Василиадис
Андреевна
РОССИЯ
Анна
Павлова
Сергеевна
РОССИЯ
Алина
Самитова
Фаритовна
РОССИЯ
Вера
Белова
Александровна
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО РНИМУ ИМ. Н.И. ПИРОГОВА МИНЗДРАВА РОССИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "РОССИЙСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.И. ПИРОГОВА" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1027739054420
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения