Способ амплификации области VP1 генома энтеровирусов вида Enterovirus B
ПЦР амплификации кДНК VP1 энтеровирус
Энтеровирусы (сем. Picornaviridae, род Enterovirus) характеризуются иммунологическим и генетическим многообразием. В настоящее время известно более 100 типов энтеровирусов, которые могут вызывать заболевания человека, полиморфные по клиническим проявлениям (полиомиелит, нейропатии, серозный менингит, миокардиты, гастроэнтерит, респираторные заболевания, конъюнктивиты и т.д.) и различные по тяжести течения. На основе особенностей молекулярной организации энтеровирусы, патогенные для человека, разделены на 4 вида: Enterovirus А (ЭВ-А) (Коксаки А 2-8, 10, 12, 14, 16; ЭВ-А71, 76, 89-91, 114, 120-125), Enterovirus В (ЭВ-В) (Коксаки В1-6; Коксаки А9; ECHO 1-7, 9, 11-21, 24-27, 29-33; ЭВ-В69, 73-75, 77-88,93, 97, 98, 100, 106, 107, 110-114), Enterovirus С (ЭВ-С) (полиовирусы типа 1-3; Коксаки А1, 11, 13, 17, 19-22, 24; ЭВ-С 95, 96, 99, 102, 104,105, 109, 113, 116, 117, 118) и Enterovirus D (ЭB-D)(ЭBD68, 70, 94, 111, 120) [www.picomaviridae.com]. Циркуляция энтеровирусов наблюдается повсеместно. С конца XX века и до настоящего времени во многих странах фиксируется высокий уровень заболеваемости энтеровирусной инфекцией, обусловленный формированием и распространением эпидемических вариантов энтеровирусов. Наиболее часто у больных с энтеровирусной инфекцией выявляют вирусы видов Enterovirus А и Enterovirus В. Вирусы вида Enterovirus А являются основными возбудителями экзантемных форм энтеровирусной инфекции, вирусы вида Enterovirus В – энтеровирусного менингита. В настоящее время для генотипирования энтеровирусов используют способы частичного секвенирования области VP1 генома, в результате которых получают нуклеотидную последовательность размером 375 н.о. [Nix W.A., Oberste M.S. and Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimen // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol.44. №. 8. - P. 2698-2704; патент РФ №2743352, 2021]. Фрагмента такого размера достаточно для определения типа энтеровируса и первичной филогенетической характеристики изучаемого штамма, но недостаточно для полной характеристики гена 1D, кодирующего структурный белок VP1 энтеровируса, и, в большинстве случаев, для достоверности и информативности филогенетического анализа. Наиболее близким к заявляемому способу по назначению и совокупности существенных признаков является способ дифференциальной амплификации фрагментов кДНК энтеровирусов видов Enterovirus A-D методом ОТ-ПЦР для последующего секвенирования с использованием специфических праймеров для получения полной нуклеотидной последовательности гена VP1 энтеровирусов [Oberste M.S., Maher К, Williams A.J., Dybdahl-Sissoko N., Brown B.A., Gookin M.S.,  S., Mishrik N., Uddin M., Pallansch M.A. Species-specific RT-PCR amplification of human enteroviruses: a tool for rapid species identification of uncharacterized enteroviruses // J. Gen. Virol. - 2006. - Vol.87(Pt 1). - P. 119-128.]. Известный способ представляет собой вариант ОТ-ПЦР области VP1 генома, позволяющий успешно проводить амплификацию фрагментов кДНК энтеровирусов всех видов, пассированных в клеточных культурах, но недостаточно эффективный для анализа первичного материала.
Изобретение относится к области молекулярной биологии, вирусологии и медицины, касается способа видоспецифичной амплификации кДНК энтеровирусов вида Enterovirus методом «гнездовой» полимеразной цепной реакции и может быть использовано для получения полной нуклеотидной последовательности гена 1D, кодирующего капсидный белок VP1.
Надежда
Новикова
Алексеевна
зав.лабораторией
Доктор биологических наук
Профессор
S-4201-2017
57196902246
182455
https://publons.com/researcher/2024236/nadejda-a-novikova/
0000-0002-3710-6648
РОССИЯ
Наталья
Зайцева
Николаевна
директор
РОССИЯ
34.15.31
Молекулярная биология вирусов
34.25.39
Вопросы экологии и эпидемиология вирусов
76.03.41
Медицинская вирусология
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
01.06.ZE
VIROLOGY
Владимир
Зверев
Владимирович
РОССИЯ
Людмила
Голицына
Николаевна
РОССИЯ
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1047796261512
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФБУН ННИИЭМ ИМ.АКАДЕМИКА И.Н.БЛОХИНОЙ РОСПОТРЕБНАДЗОРА
ФЕДЕРАЛЬНОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ "НИЖЕГОРОДСКИЙ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ЭПИДЕМИОЛОГИИ И МИКРОБИОЛОГИИ ИМ.АКАДЕМИКА И.Н.БЛОХИНОЙ" ФЕДЕРАЛЬНОЙ СЛУЖБЫ ПО НАДЗОРУ В СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА
1025203013890
НАТАЛЬЯ
ЗАЙЦЕВА
НИКОЛАЕВНА
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения