Спейсерные последовательности CRISPR-Cas систем штаммов Yersinia pseudotuberculosis
БАКТЕРИФАГИ YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS ПСЕВДОТУБЕРКУЛЕЗ CRISPR/CAS-СИСТЕМЫ
База данных предназначена для систематизации, анализа и хранения информации о нуклеотидных последовательностях 1328 спейсеров в CRISPR-локусах 104 штаммов Y. pseudotuberculosis. База данных содержит: (1) характеристику штаммов (название; серотип; место, источник и год выделения); (2) нуклеотидные последовательности спейсеров, входящих в состав CRISPR-систем штаммов, и название бактериофагов, содержащих гомологичные последовательности в геноме; (3) информацию о наличии/отсутствии конкретного спейсера в CRISPR-Cas системах штаммов. Данные для 78 штаммов получены из базы данных RefSeq NCBI; для 10 штаммов спейсерные последовательности получены при полногеномном секвенировании; для 16 штаммов последовательности получены методом ПЦР с последующим секвенированием.
База данных может быть использована для филогенетических исследований, мониторинга циркуляции штаммов возбудителя псевдотуберкулеза на территориях, поиска бактериофагов, обладающих антибактериальной активностью в отношении штаммов Y. pseudotuberculosis.
Владимир
Злобин
Игоревич
Директор НИИ БМТ ИГМУ
Доктор медицинских наук
Академик
AAA-4041-2019
7004955483
76989799
https://orcid.org/0000-0002-0164-5113
000-0002-0164-51130
РОССИЯ
Игорь
Малов
Владимирович
ректор
РОССИЯ
76.03.43
Медицинская микробиология
01.06.QU
MICROBIOLOGY
Надежда
Перетолчина
Павловна
разработка структуры расположения материалов в базе данных; разработка рубрикатора материалов базы данных; подбор и расположение материалов базы данных; секвенирование и сборка нуклеотидных последовательностей штаммов для включения в базу данных
РОССИЯ
Юрий
Джиоев
Павлович
разработка рубрикатора материалов базы данных; разработка словаря ключевых терминов материалов базы данных; разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Валерий
Климов
Тимофеевич
подбор материалов базы данных; выделение и идентификация микроорганизмов для включения в базу данных
РОССИЯ
Екатерина
Воскресенская
Александровна
подбор и расположение материалов базы данных; выделение и идентификация микроорганизмов для включения в базу данных; секвенирование штаммов для включения в базу данных
РОССИЯ
Галина
Кокорина
Ивановна
подбор и расположение материалов базы данных; выделение и идентификация микроорганизмов для включения в базу данных; секвенирование штаммов для включения в базу данных
РОССИЯ
Лилия
Степаненко
Александровна
разработка рубрикатора материалов базы данных; разработка словаря ключевых терминов материалов базы данных
РОССИЯ
Елена
Богумильчик
Александровна
подбор материалов базы данных; выделение и идентификация микроорганизмов для включения в базу данных
РОССИЯ
Андрей
Борисенко
Юрьевич
разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Владимир
Злобин
Игоревич
разработка рубрикатора материалов базы данных; разработка словаря ключевых терминов материалов базы данных; аналитическое сопровождение полученных данных и составления документации
РОССИЯ
МИНЗДРАВ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1127746460896
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГБОУ ВО ИГМУ Минздрава России
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Иркутский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации
1023801539673
Организация
Министерство здравоохранения Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения