Праймеры для амплификации генов-кандидатов на роль гена SKr - супрессора скрещиваемости мягкой пшеницы с рожью посевной.
Праймеры гена SKr амплификация генов-кандидатов скрещиваемость мягкая пшеница (Triticum aestivum L.) рожь посевная (Secale cereale L.)
Скрещиваемость мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) с рожью посевной (Secale cereale L.) контролируется генами Kr1-Kr4 и SKr. Широкое распространение у мягкой пшеницы получили доминантные аллели этих генов, обусловливающие межродовую несовместимость (завязываемость гибридных зерновок менее 10%). Присутствие рецессивных аллелей сопряжено с высокой скрещиваемостью с рожью, однако они встречаются лишь у местных форм из стран Восточной Азии. Основное по силе влияние на эффект межродовой несовместимости оказывает ген SKr, а также Kr1.
На настоящий момент гены, отвечающие за контроль признака несовместимости мягкой пшеницы с рожью, не клонированы и не секвенированы, нет эффективных диагностических ДНК-маркеров, позволяющих с помощью ПЦР проводить быструю и однозначную идентификацию хорошо скрещивающихся с рожью форм. В связи с этим, поиск генов-кандидатов, контролирующих скрещиваемость мягкой пшеницы с рожью, является актуальной задачей. Был выбран ген SKr, поскольку он вносит основной вклад в проявление признака несовместимости. 
Для определения региона для поиска причинных генов на роль SKr нами была проведена локализация существующих маркеров SKr в полногеномной сборке сорта Lancer (PGSBv2.1), а также ряда других сортов (Norin61, Julius, Stanley). Все маркеры гена SKr были успешно найдены в дистальной области короткого плеча хромосомы 5B, что подтверждает литературные данные. Таким образом составлена физическая карта региона с локализацией гена SKr. Участок для поиска генов-кандидатов составил 4,9 Мб, он фланкирован маркерами Xcfb306 (дистально) и gene13 (проксимально), которые, согласно литературным источникам, находятся достаточно близко к гену SKr – 0,6 и 0,4 сМ соответственно.
Всего на участке между маркерами Xcfb306 и gene13 в полногеномной сборке сорта Lancer (PGSBv2.1) аннотировано 37 генов. Их функции связаны, в частности, с постэмбриональным развитием, ответом на стрессовые воздействия, транспортом веществ. Последние две функции могут относиться к возможному механизму действия SKr: ответу на стрессовое воздействие чужеродной ржаной пыльцы, транспорту специфичных веществ в ответ на абиотическое воздействие. Таких генов, отвечающих за ответ на стрессовые воздействия и транспорт было выявлено 10: 
TraesLAC5B03G02743510 (glucuronosyltransferase activity),
TraesLAC5B03G02743550 (transmembrane transporter activity),
TraesLAC5B03G02743570 (ATP binding - response to stress),
TraesLAC5B03G02743580 (ATP binding - response to stress),
TraesLAC5B03G02744000 (ATP binding - signal transduction)
TraesLAC5B03G02744130 (sucrose transmembrane transporter activity),
TraesLAC5B03G02744180 (protein kinase activity - response to other organism),
TraesLAC5B03G02744210 (sugar transport),
TraesLAC5B03G02744230 (transmembrane transporter activity),
TraesLAC5B03G02744300 (hydrogen ion transport)
Для амплификации каждого из предполагаемых генов-кандидатов разработаны праймеры, фланкирующие последовательности генов, включая их промоторную область. Амплификация данных генов и последующее сравнение их нуклеотидных последовательностей у форм пшеницы с высокой/низкой скрещиваемостью с рожью, может позволить найти ген-кандидат на роль SKr и разработать эффективные диагностические ДНК-маркеры для идентификации совместимых с рожью генотипов мягкой пшеницы.
Амплификация данных генов и последующее сравнение их нуклеотидных последовательностей у форм пшеницы с высокой/низкой скрещиваемостью с рожью, может позволить найти ген-кандидат на роль SKr и разработать эффективные диагностические ДНК-маркеры для идентификации совместимых с рожью генотипов мягкой пшеницы.
34.15.23
Молекулярная генетика
68.35.03
Селекция и семеноводство сельскохозяйственных культур
Игорь
Поротников
Вадимович
"Отсутствует"
"Отсутствует"
"ABI-2334-2020"
"57219994008"
"0000-0001-5841-8803"
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ВИР
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение  «Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И.Вавилова"
1027810308206
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения