Способ оптимизации условий кристаллизации белков с применением метода молекулярной динамики
Белковая кристаллизация молекулярная динамика
Изобретение относится к способам оптимизации поиска условий кристаллизации белков для последующего выращивания белкового кристалла в оптимизированных условиях и расшифровки структуры белка с помощью рентгеноструктурного анализа. 
Техническим результатом является удешевление и ускорение этапа оптимизационного скрининга условий кристаллизации белков. 
Для его достижения предложено применение метода молекулярной динамики, заключающегося в определении наличия олигомеров кристаллизуемого белка в растворах при проведении оптимизационного скрининга условий белковой кристаллизации, отличающийся тем, что вместо измерения концентрации олигомеров кристаллизуемого белка методом малоуглового рассеяния рентгеновских лучей исследуют стабильность олигомеров методом молекулярной динамики.
Для этого выделяют олигомеры, предположительно содержащиеся в растворе на предкристаллизационной фазе, к полученным олигомерам применяют вычисление молекулярной динамики и изменения свободной энергии при формировании олигомера в различных условиях и устанавливают оптимальные для кристаллизации исследуемого белка параметры, при которых наблюдаются наименьшие среднеквадратичные флуктуации атомов олигомеров и наибольшее уменьшение свободной энергии.
Поиск условий кристаллизации белков
Максим
Патрушев
Владимирович
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Отсутствует
-
-
-
-
РОССИЯ
Сергей
Гиенко
Юрьевич
Начальник управления
РОССИЯ
31.15.31
Растворы
29.19.15
Фазовые равновесия и фазовые переходы
29.19.19
Методы исследования кристаллической структуры и динамики решетки
29.19.22
Физика наноструктур. Низкоразмерные структуры. Мезоскопические структуры
01.03.UH
PHYSICS, ATOMIC, MOLECULAR & CHEMICAL
01.03.UI
PHYSICS, MULTIDISCIPLINARY
01.04.FI
CRYSTALLOGRAPHY
01.07.RO
MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
02.10.NS
NANOSCIENCE & NANOTECHNOLOGY
Владимир
Тимофеев
Игоревич
РОССИЯ
Юлия
Кордонская
Владимировна
РОССИЯ
Михаил
Ковальчук
Валентинович
РОССИЯ
Юрий
Писаревский
Владимирович
РОССИЯ
Юлия
Дьякова
Алексеевна
РОССИЯ
Маргарита
Марченкова
Александровна
РОССИЯ
Правительство России
Правительство Российской Федерации
Организация
-
-
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения