Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA) / Software package for motif search in whole-genome transcription factors binding sites mapping ChIP-seq data (SiteGA)
поиск мотивов набор пиков ChIP-seq сайты связывания транскрипционных факторов
Программный комплекс (ПК) предназначен для поиска мотивов, представляющих сайты связывания транскрипционных факторов (ТФ), на основе набора пиков ChIP-seq. ПК производит поиск модели для картирования мотивов, включающей набор локально-позиционированных динуклеотидов, расположенных в пределах участков длины мотива в пиках и расположения этих участков в пиках. ПК содержит блоки перекрестных тестов для выбора параметров модели, обучения модели, установки её порогов, сканирования тестовой ДНК.
Программный комплекс может быть использован в биоинформатике и генетике для предсказания комплексов ТФ-ДНК, не соответствующих результатам традиционных моделей поиска мотивов.
Виктор
Левицкий
Георгиевич
с.н.с.
Кандидат биологических наук
Отсутствует
R-5696-2016
56253624200
http://assa.bionet.nsc.ru/#/reports/person/420/
0000-0002-4905-3088
РОССИЯ
Георгиевич
Георгиевич
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.23.03
Теоретическая генетика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Виктор
Левицкий
Георгиевич
Разработка алгоритма, программная реализация алгоритма, разработка данных программы, разработка спецификации программы.
РОССИЯ
Антон
Цуканов
Витальевич
Разработка данных программы
РОССИЯ
РФФИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "РОССИЙСКИЙ ФОНД ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ"
1037739411489
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российский фонд фундаментальных исследований"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
ИЦиГ СО РАН
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»
1025403657410
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения