Программа для расчёта стабильности водородных связей в белках на основе анализа результатов полноатомного моделирования методом молекулярной динамики в явном растворителе (СТАВОСМОЛД) / The program for calculating the hydrogen bonds stability in proteins based on the analysis of the results of full-atomic molecular dynamics simulation in an explicit solvent (STAHBOMOLD)
молекулярная динамика, водородные связи, структура мутантных белков
Программа предназначена для получения конформационных характеристик белков и их мутантных форм с использованием полноатомного моделирования методом молекулярной динамики в явном растворителе. Рассчитанные конформационные характеристики включают в себя стабильность водородных связей, формирующихся в ходе моделирования, которая рассчитывается, как отношение количества точек траектории, в которых связь присутствовала, к общей длине траектории. Программа может быть использована для построения моделей машинного обучения при изучении взаимосвязи структура-функция белков, атакже для изучения влияния связывания малых химических соединений с белком-мишенью на структуру, функцию и фенотипическое проявление данного белка и его мутантов.
Программа может быть использована  в биохимии, химии, клеточной и молекулярной биологии , а также других областях химии и биологии.
Салина Е.А.
рук. отделения
Доктор биологических наук
Орлова Г.В.
ученый секретарь
34.17.15
Молекулярная биофизика
34.15.15
Пространственная структура и свойства биополимеров
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
01.06.DA
BIOPHYSICS
Владимир
Иванисенко
Александрович
формализация задачи
Никита
Иванисенко
Владимирович
разработка архитектуры и алгоритмов
Николай
Алемасов
Александрович
разработка программного модуля
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦиГ СО РАН
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»
1025403657410
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения