Протеом гемоцитов байкальских амфипод Eulimnogammarus verrucosus (пос. Листвянка, Южный Байкал)
биотехнологии озеро Байкал байкальский эндемик амфиподы Eulimnogammarus verrucosus гемоцит протеом транскриптом нуклеотидная последовательность иммунитет Сколковский институт науки и технологий
База данных предназначена для хранения, анализа и обработки информации о разнообразии белков иммунных клеток (гемоцитов) литоральных амфипод вида Eulimnogammarus verrucosus. Данная информация важна для исследований иммунитета амфипод, а также при сравнительном анализе протеомов различных ракообразных. Протеом гемоцитов был получен с использованием жидкостной хромато-масс-спектрометрии (LC-MS/MS). Для этого из взрослых амфипод отбирали гемолимфу с последующей очисткой белка гемоцитов с добавлением додецилсульфата натрия (ДСН) или без него. LC-MS/MS-анализ белков гемоцитов проводили в ЦКП “Передовая масс-спектрометрия” Сколковского института науки и технологий. Полученные данные были проанализированы с использованием программного обеспечения SearchGUI и Peptide Shaker. Белки идентифицировали на основе сборки транскриптома E. verrucosus GHHK01. База данных содержит информацию об обнаруженных белках гемоцитов и соответствующих нуклеотидных последовательностях, аннотированных в базах данных NCBI, Panther, Eggnog и KEGG Pathway. Также база включает информацию об относительном количестве каждого белка в протеоме, их распределении в образцах с добавлением ДСН и без него, трансмембранных доменов, изоэлектрической точке и молекулярной массе белков, а также наличии С- и N-концевых последовательностей.
Научные исследования в области трансляции генетического и биотехнологического потенциала эндемичных микро- и макроорганизмов для нужд современной фармацевтики и биомедицины, оценки биотехнологического потенциала озера Байкала
Максим
Тимофеев
Анатольевич
директор НИИ биологии ФГБОУ ВО "ИГУ"
Доктор биологических наук
Профессор
F-2071-2010
55899341800
93282
https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=
0000-0002-5250-6818
РОССИЯ
Александр
Шмидт
Федорович
ректор, д.х.н., профессор
РОССИЯ
34.35.33
Гидробиология
34.15.23
Молекулярная генетика
34.15.33
Молекулярная иммунология
34.33.15
Зоология беспозвоночных
01.06.PI
MARINE & FRESHWATER BIOLOGY
01.06.ZM
ZOOLOGY
01.06.CQ
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Елена
Золотовская
Дмитриевна
Подбор материалов базы данных
РОССИЯ
Анна
Назарова
Александровна
Подбор материалов базы данных
РОССИЯ
Александра
Саранчина
Евгеньевна
Подбор материалов базы данных
РОССИЯ
Андрей
Мутин
Дмитриевич
Разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Полина
Дроздова
Борисовна
Разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Юлия
Лубяга
Андреевна
Разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Максим
Тимофеев
Анатольевич
Разработка структуры расположения материалов в базе данных
РОССИЯ
Минобрнауки России
Министерство образования и науки Российской Федерации
1047796287440
Организация
Министерство образования и науки Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГБОУ ВО "ИГУ"
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Иркутский государственный университет"
1033801008218
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения