Программа для анализа первичных данных секвенирования региона ро1 ВИЧ-1
Автоматизация процесса обработки данных секвенирования образцов
Программа предназначена для автоматизации процесса обработки данных секвенирования образцов, содержащих ВИЧ на геномных анализаторах с реализацией следующих функций: чтение исходных файлов с результатами секвенирования формата ABI (ридов) и конвертация массивов данных электрофореграмм в формат JSON; определение рабочей области в каждом риде по заданным критериям; поиск локальных максимумов интенсивности свечения в каждом из четырех каналов данных, соответствующих обнаружению нуклеотидов А, С, G, Т; интерпретация локальных максимумов интенсивности свечения как последовательности нуклеотидов ('А', 'С', 'G', 'Т', 'М', 'R', 'W', 'S', 'Y', 'K', 'V', 'H', 'D', 'В'); редактирование значения нуклеотида как в пределах рида, так и в консенсусной последовательности; поиск референсного генома из существующей коллекции аннотированных полных геномов ВИЧ для наилучшего варианта выравнивания нуклеотидных последовательностей ридов на геном; построение и аннотирование консенсусной последовательности; контроль консенсусной последовательности на наличие сдвигов рамки считывания и стоп-кодонов
Программа предназначена для автоматизации процесса обработки данных секвенирования образцов, содержащих ВИЧ
Александр
Семенов
Владимирович
Руководитель ЕНИИВИ
Доктор биологических наук
Отсутствует
C-7265-2014
56988449300
86794
-
РОССИЯ
Ринат
Максютов
Амирович
Генеральный директор
РОССИЯ
76.33.43
Эпидемиология
34.25.23
Противовирусный иммунитет
34.25.39
Вопросы экологии и эпидемиология вирусов
03.01.NI
IMMUNOLOGY
03.03.NE
PUBLIC, ENVIRONMENTAL & OCCUPATIONAL HEALTH
03.03.NN
INFECTIOUS DISEASES
Михаил
Питерский
Валерьевич
25 %
РОССИЯ
Антон
Гусев
Георгиевич
25 %
РОССИЯ
Юлия
Захарова
Александровна
25 %
РОССИЯ
Александр
Семенов
Владимирович
25 %
РОССИЯ
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1047796261512
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФБУН ФНИИВИ «ВИРОМ» РОСПОТРЕБНАДЗОРА
ФЕДЕРАЛЬНОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ "ВИРОМ" ФЕДЕРАЛЬНОЙ СЛУЖБЫ ПО НАДЗОРУ В СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА
1235400010757
АЛЕКСАНДР
СЕМЕНОВ
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения