PhyloTraVis
Вложение визуализация Филогенетический анализ Эволюция Embedding Phylogenetic tree Visualization Evolution PhyloTraVis
PhyloTraVis позволяет провести анализ и визуализацию филогенеза, которые основаны на построении эволюционной траектории таксона в трёхмерном пространстве. Эволюционной траекторией является путь, который соединяет конкретный таксон и корень эволюционного дерева. Главным преимуществом данной программы является вложение генетических последовательностей с помощью сокращенных аминокислотных алфавитов и фреймворка Word2Vec, что позволяет изучать характеристики белка в ходе эволюции. Разработанная программа дает возможность визуализировать резкие изменения направления эволюции в локальном и глобальном масштабах. Программу можно применять для раннего обнаружения изменения направления эволюции, изучения динамики эволюции, оценки появлений новых вариантов вируса, а также моделирования возможного антигенного разнообразия, что является актуальной задачей вычислительной вирусологии.
Программа предназначена для применения в области вычислительной вирусологии.
Маджид
Форгани
научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Отсутствует
AAD-6036-2019
57198802010
0000-0002-9443-3610
ИРАН,ИСЛАМСКАЯ РЕСПУБЛИКА
Николай
Лукоянов
Юрьевич
директор
РОССИЯ
34.15.29
Молекулярная эволюция
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
27.35.43
Математические модели биологии
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Маджид
Форгани
Разработчик теоретической части по оптимизации и вычислению, разработчик программы
ИРАН,ИСЛАМСКАЯ РЕСПУБЛИКА
Павел
Васёв
Александрович
Разработчик программы по визуализации данных и реализации программы в качестве веб-платформы
РОССИЯ
Михаил
Болков
Артемович
Разработчик программы
РОССИЯ
Артём
Фирстков
Леонидович
Разработчик программы
РОССИЯ
Александр
Берсенёв
Юрьевич
Разработчик программы
РОССИЯ
Эдвард Смит
Рэмзи
Разработчик программы
РОССИЯ
РФФИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "РОССИЙСКИЙ ФОНД ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ"
1037739411489
Организация
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российский фонд фундаментальных исследований"
Федеральные государственные бюджетные учреждения
ИММ УрО РАН
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт математики и механики им. Н.Н. Красовского Уральского отделения Российской академии наук
1026604965177
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения