Автоматизированная сборка и аннотация прокариотических геномов
Геномика, микробиология, биоинформатика
Программное обеспечение предназначено для обработки исходных данных, сборки, проверки качества и аннотации геномов бактерий и архей. В качестве исходных данных могут быть использованы одиночные или парные прочтения высокопроизводительного секвенирования, прочтения одномолекулярного секвенирования или их комбинация. Алгоритм включает обрезку прочтений по качеству, слияние перекрывающихся парных прочтений, сборку генома, поиск и удаление последовательности внутреннего контроля секвенирования по технологии Illumina – phiX174, оценку качества сборки по наличию маркерных однокопийных генов, структурную и функциональную аннотацию и генерацию файлов в общепринятых биоинформатических форматах.
Сборка и аннотация геномов прокариот для фундаментальных исследований, а также для нужд биотехнологии, биоинженерии и биомедицины.
Патрушев М.В.
Заместитель руководителя Комплекса по научной работе
Кандидат биологических наук
Николаенко А.В.
Заместитель директора - главный ученый секретарь Центра
34.27.21
Генетика и селекция микроорганизмов
34.15.23
Молекулярная генетика
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
Алексей
Корженков
Александрович
Проектирование, написание текста программы, тестирование
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
НИЦ "Курчатовский институт"
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
1027739576006
Организация
Правительство Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения