Метод широкомасштабной гармонизации профилей генной экспрессии для перекрестных сравнений норм и опухолевых образцов человека из различных баз данных
универсальное индексирование данных машинное обучение нормализация и гармонизация данных гибридизация микрочипов секвенирование РНК профили транскрипции экспрессия генов
В результате работы был создан новый вычислительный метод, уточняющий диагностическую оценку молекулярных особенностей опухолей за счёт корректировки систематических ошибок, возникающих при секвенировании РНК и профилей гибридизации микрочипов. Данный способ является уникальным и имеет преимущества перед мировыми аналогами.
Появление методов исследования экспрессии генов с высокой пропускной способностью породило количественную транскриптомику, но также поставило вопрос о взаимном сравнении профилей экспрессии, полученных с использованием различного оборудования и протоколов и/или в разных сериях экспериментов. Решение этой проблемы является сложной задачей, поскольку все вышеперечисленные переменные могут резко влиять на сигналы экспрессии генов и, следовательно, вызывать множество специфических особенностей в транскриптомных профилях. Миллионы транскриптомных профилей были получены и размещены в общедоступных базах данных, полезность которых, однако, сильно ограничена из-за проблем со сравнением. 
Были предложены десятки методов и программных пакетов, которые в целом можно отнести либо к гибким, либо к предопределенным гармонизаторам формата, но ни один из них на сегодняшний день не стал золотым стандартом для унификации этого типа больших данных.
Разработанный метод решает заявленную проблему и базируется на недавних разработках, свидетельствующих о том, что систематическая ошибка, связанная с платформой/протоколом/партией, может быть эффективно снижена для сравнения наборов транскриптомных данных разного происхождения за счёт универсального индексирования всех или большинства всех типов секвенирования РНК и профилей гибридизации микрочипов.
Практическая реализация разработанного метода широкомасштабной гармонизации профилей генной экспрессии для перекрестных сравнений норм и опухолевых образцов человека из различных баз данных позволит повысить точность существующих коммерческих систем молекулярной онкодиагностики, давая возможность снизить операционные расходы на уточнение молекулярного типа опухоли и определения схемы лечения пациента.
Павел
Волчков
Юрьевич
Ведущий научный сотрудник - заведующий лабораторией
Кандидат биологических наук
Отсутствует
H-4743-2013
12792924200
166498
https://orcid.org/ 0000-0001-9794-6297
РОССИЯ
Сергей
Гаричев
Николаевич
Директор по исследованиям, разработкам и коммерциализации
РОССИЯ
76.29.49
Онкология
20.53.19
Средства обработки и поиска информации
03.01.QA
MEDICINE, RESEARCH & EXPERIMENTAL
03.02.DM
ONCOLOGY
Николай
Борисов
Михайлович
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
МФТИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ)"
1027739386135
НИКОЛАЙ
КУДРЯВЦЕВ
НИКОЛАЕВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения