SpinesToolkit software for dendritic spines segmentation, classification and clustering
кластеризация классификация сегментация синапс дендритный шипик нейрон
Программа предназначена для сегментанции дендритов и дендритных шипиков из трехмерных послойных изображений нейронов, полученных с помощью флуоресцентной микроскопии, вычисления  их морфометрических параметров и проведении на их основе классификации по группам грибовидные/тонкие/пеньковые и кластеризации. 
Программа может использоваться в научно-исследовательских нейробиологических лабораториях. 
Функциональные возможности программы: адаптивная бинаризация изображения нейрона, построение воксельной сетки нейрона из бинарного изображения, построение скелета нейрона, сегментация дендритных шипиков с возможностью ручной коррекции, вычисление 10 численных параметров формы шипиков и гистограммы длин хорд (CLDH), ручная классификация шипиков экспертами и построение консенсуса, классификация с помощью SVM, кластеризация с помощью алгоритмов k-средних и DBSCAN, двумерная визуализация данных с помощью метода главных компонент и t-SNE.
Разработка и исследования в областях фармакологии, медицины и биологии
Екатерина
Пчицкая
Игоревна
научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Отсутствует
O-7302-2017
56566603700
0000-0002-3644-6886
РОССИЯ
Виталий
Сергеев
Владимирович
Проректор по организационно-правовым вопросам
РОССИЯ
34.55.19
Нейрокибернетика
34.55.15
Математические и машинные модели биосистем
34.15.43
Молекулярная нейробиология
03.01.RU
NEUROSCIENCES
01.01.PO
MATHEMATICS, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
Вячеслав
Чуканов
Сергеевич
РОССИЯ
Илья
Безпрозванный
Борисович
РОССИЯ
Екатерина
Пчицкая
Игоревна
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ПОЛИТЕХНИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ПЕТРА ВЕЛИКОГО"
1027802505279
АНДРЕЙ
РУДСКОЙ
ИВАНОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения