Способ пробоподготовки образцов изолятов коронавируса SARS-CoV-2 и олигонуклеотидные праймеры для его реализации
пробоподготовки образцов SARS-CoV-2 ПЦР геном олигонуклеотидные праймеры
Изобретение относится к биотехнологии, медицине, молекулярной биологии, генной инженерии и вирусологии. Описан способ пробоподготовки образцов изолятов коронавируса SARS-CoV-2, включающий стадии: (a) обратной транскрипции РНК вируса; (b) ПЦР с применением двух пулов олигонуклеотидных праймеров, где для первого пула применяют олигонуклеотидные праймеры, имеющие структуру SEQ ID NO: 1-4, с концентрацией в реакционной смеси каждого праймера 0,1 пмоль/мкл, а для второго пула применяют олигонуклеотидные праймеры, имеющие структуру SEQ ID NO: 5-10, с концентрацией в реакционной смеси каждого праймера 0,2 пмоль/мкл; (c) оценки получаемых в ходе амплификации ПЦР-продуктов с помощью электрофореза; (d) объединения ПЦР-продуктов двух пулов; (e) очистки ампликонов от реакционной смеси с использованием парамагнитных частиц с полимерным карбоксилированным покрытием; (f) индексации с использованием олигонуклеотидов, содержащих последовательности, комплементарные адаптерным последовательностям SEQ ID NO: 11-12, и индексные последовательности; (g) повторной очистки от реакционной смеси с использованием парамагнитных частиц с полимерным карбоксилированным покрытием. Представлен пул олигонуклеотидных праймеров для реализации способа по п. 1, имеющих структуру SEQ ID NO: 1-4, для выполнения функции праймеров, комплементарных участкам гена, кодирующего S-белок SARS-CoV-2, и пул олигонуклеотидных праймеров для реализации способа по п. 1, имеющих структуру SEQ ID NO: 5-10, для выполнения функции праймеров, комплементарных участкам гена, кодирующего S-белок SARS-CoV-2.
Изобретение позволяет произвести пробоподготовку библиотек, содержащих целевые фрагменты генома SARS-CoV-2, содержащие известные эпидемиологически значимые мутации, с наименьшими трудовыми, временными и материальными затратами, не снижая качество и объемы произведенных исследований за счет применения.
Василий
Акимкин
Геннадьевич
директор
Доктор медицинских наук
Академик
B-4547-2017
6603947364
256150
https://elibrary.ru/author_profile.asp?authorid=256150
0000-0003-4228-9044
РОССИЯ
Василий
Акимкин
Геннадьевич
директор
РОССИЯ
76.29.50
Инфекционные болезни
76.33.43
Эпидемиология
76.35.33
Лабораторное дело
03.03.NN
INFECTIOUS DISEASES
Надежда
Борисова
Ивановна
РОССИЯ
Камиль
Хафизов
Фаридович
РОССИЯ
Василий
Акимкин
Геннадьевич
РОССИЯ
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1047796261512
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные казенные учреждения
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
Федеральное бюджетное учреждение науки "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
1027700046615
Организация
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Федеральные государственные бюджетные учреждения