Программа для обработки экспериментальных снимков клеток HeLa
СЕГМЕНТАЦИЯ ИЗОБРАЖЕНИЙ ЦИТОСКЕЛЕТ ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ СИГНАЛИЗАЦИЯ ВЕЗИКУЛЯРНЫЙ ТРАНСПОРТ
Программа предназначена для получения количественных характеристик рецептор-опосредованного эндоцитоза эпидермального фактора роста в клетках HеLa путем обработки цифровых снимков, полученных на конфокальном микроскопе.
Программа определяет границы молекулярных комплексов в изображениях и вычисляет их морфометрические характеристики: площадь, ширину, высоту, и др., а также максимальную, минимальную и среднюю интенсивность свечения. К изображениям фиксированных клеток применяется процедура обработки из 93 шагов, основными из которых являются применение фильтров для удаления шумов и выравнивания интенсивности, выделение границ объектов и разделение «слипшихся» объектов для получение маски. Качество обработки оценивается визуально с помощью наложения границ объектов на экспериментальное изображение. Результаты работы программы могут быть получены в виде графиков зависимости количества объектов определённого вида от заданного размера в заданный момент времени.
Программа «Программа для обработки экспериментальных снимков клеток HeLa» может быть использована при изучении сигнальных и транспортных процессов в клетке и в учебных целях.
Мария
Самсонова
Георгиевна
Профессор
Доктор биологических наук
Профессор
Q-7591-2016
7003974330
84846
https://www.spbstu.ru/university/about-the-university/personalities/169050_samsonova_mariya_georgievna
0000-0002-9353-9173
РОССИЯ
Виталий
Сергеев
Владимирович
Первый проректор
РОССИЯ
34.17.03
Теоретическая и математическая биофизика
27.35.43
Математические модели биологии
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
01.02.EV
COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
Мария
Самсонова
Георгиевна
Разработка алгоритма разделения слившихся объектов на изображении
РОССИЯ
Константин
Козлов
Николаевич
Разработка алгоритма и исходного кода программы
РОССИЯ
Минобрнауки России
Министерство образования и науки Российской Федерации
1047796287440
Организация
Министерство образования и науки Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ФГАОУ ВО "СПбПУ"
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого»
1027802505279
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные автономные учреждения