Программа для оценки значимости обогащения длины перекрывания двух полногеномных разметок (AreaSonic) / Estimation of the significance in the total overlap length between two whole genome sets of regions (AreaSonic)
биоинформатический анализ полногеномное картирование
Программа AreaSonic предназначена для оценки значимости обогащения длины перекрывания двух полногеномных разметок. Входные данные программы включают две полногеномные разметки в формате bed, и указание на выпуск полного генома. Программа рассчитывает вероятность того, что наблюдаемая длина перекрывания двух разметок является следствием случайных причин. Программа содержит блок оценки расчёта длины перкрывания двух разметок, блок генерации пермутации одной разметки, и блок расчёта значимости перекрывания. Сначала программа вычисляет наблюдаемую длину перекрывания входных разметок. Затем производится первая итерация алгоритма, которая включает пермутацию одной из разметок. Пермутация включает случайные перестановки всех участков разметки и спейсеров между ними. В конце итерации вычисляется длина перекрвания двух разметок, не тронутой и тронутой пермутацией. По множеству итераций подсчитывается средняя длина перекрывания и её среднеквадратичное отклонение. По этим двум величинам на основе модели ожидаемого нормального распределения длины перекрывания разметок оценивается значимость обогащения длины перекрывания двух входных разметок.
ПК может быть использован в биоинформатике и генетике для выявления обогащения отдельных мотивов или для поиска обогащённых мотивов с помощью подхода de novo.
Николай
Колчанов
Александрович
научный руководитель
Доктор биологических наук
Академик
A-9916-2014
35444766700
9095-7952
http://assa.bionet.nsc.ru/open/person/355/
РОССИЯ
Алексей
Кочетов
Владимирович
директор
РОССИЯ
34.03.23
Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
01.06.MC
MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
01.06.KM
GENETICS & HEREDITY
Виктор
Левицкий
Георгиевич
РОССИЯ
МИНОБРНАУКИ РОССИИ
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
1187746579690
Петр
Мордовской
Григорьевич
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные казенные учреждения
ИЦИГ СО РАН
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
1025403657410
АЛЕКСЕЙ
КОЧЕТОВ
ВЛАДИМИРОВИЧ
Организация
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Федеральные государственные бюджетные учреждения